為了改變中國資本市場這種柜臺交易過于落后的局面，同時也為更多的高科技成長型企業提供股份流動的機會，有關方面后來在北京中關村科技園區建立了新的股份轉讓系統,這就被稱為“新三板”。“新三板”市場特指中關村科技園區非上市股份有限公司進入代辦股份系統進行轉讓試點，因為掛牌企業均為高科技企業而不同于原轉讓系統內的退市企業及原STAQ、NET系統掛牌公司，故形象地稱為“新三板”。
新三板與老三板最大的不同是配對成交，現在設置30%幅度，超過此幅度要公開買賣雙方信息。