世界衛生組織表示，當前媒體和公眾對甲型H1N1流感疫苗的安全性存在一些顧慮，各國政府應確保疫苗審批過程嚴格，不因時間緊迫而降低安全或質量控制。
    在甲型H1N1流感疫苗可能於9月份正式問世之際，世衛組織8月6日表示，盡管時間緊迫，但各國政府應盡力確保疫苗審批過程的質量控制，同時在接種疫苗之后嚴密監測其安全性和效果。
    世衛組織指出，疫苗是大流感期間最重要的衛生干預手段之一，但要使其發揮最大作用，必須使人們快速大量的獲得大流感疫苗，自2007年起，世衛組織就開始與各國衛生部門官員、監管機構和疫苗生產商合作，就縮短大流感病毒出現，到安全有效疫苗問世之間的時間差，進行了研究與探討，并詳細制定了確保疫苗質量、安全性和有效性的謹慎措施。
    不過在大流感爆發時，由於疫苗使用規模很大，難免會出現罕見的特殊安全問題，世衛組織表示，由於甲型流感是新式病毒，在最初開始接種最新研發的疫苗時，臨床數據十分有限。世衛組織建議所有將使用大流感疫苗的國家，嚴密監測其安全性和效果，并及時與國際社會分享數據和信息。