余暉表示，看了新醫改方案，他對一些提法感覺比較模糊和困惑。

　　一、收支兩條線。新醫改方案要求城市社區衛生服務中心（站）和鄉鎮衛生院等基層醫療衛生機構“探索實行收支兩條線”的管理辦法，提高資金使用效率。余暉認為，在探索收支兩條線管理的同時實行管辦分開，這兩條道路只能越走分歧越大。管辦分開是要讓衛生行政部門承擔行業管理者的職能，并非所有者的職能。而試行收支兩條線管理，肯定還是衛生部門來做這件事兒，如此一來，就又把所有者和管理者的職能合而為一了，難以達到醫改的目的。

　　二、基本藥物制度。新醫改方案主張“建立國家基本藥物制度”，由中央統一制定和發布基本藥物目錄。余暉說，設立基本藥物制度的原則是防治必需、安全有效、價格合理、使用方便等。基本藥物制度能否順利實施關鍵取決于醫院使用的環節上。在目前公立醫院藥價實行“順做加價15％”的大背景下，醫院更傾向于采購和使用比基本藥物價格高的非基本藥物，基本藥物制度形同虛設，老百姓看病越來越貴。

　　余暉建議，大力推進付費機制改革，促使醫院采取人頭付費和病種付費方式，使醫生主動約束自己的用藥行為。前不久，有關部門說要搞“差別加價”，就是讓便宜的藥多加一點兒，貴的藥品少加一點兒，以促使醫療機構盡量使用便宜藥，而便宜藥恰恰都在基本藥物目錄里面。

　　三、公立與非公立醫療機構的主輔關系。為進一步完善醫療服務體系，新醫改方案強調“堅持非營利性醫療機構為主導，營利性醫療機構為補充”。可是，究竟應該“補充”到什么程度，新方案中沒有明確。余暉認為，這說明新方案忽略了市場機制在醫療服務領域中配置資源的基礎性作用，同時也有歧視民辦醫療機構的含義在里面。

　　余暉表示反對醫療機構進行營利性與非營利性的分類。他建議讓所有具備準入資格的醫療機構都來參與醫療市場競爭，由政府通過購買的方式，為老百姓提供安全、有效、價廉、便捷的服務。