4月5日下午，東航給媒體發了一封致歉信——對于3月31日航班返航事件給旅客帶來的諸多不便表示誠摯的歉意。同時，東航仍表示，返航緣由是“天氣原因”。

    民航局派出的工作組已于昨天抵達昆明，開始調查“返航”事件。中國民用航空局與東航都曾表示，一旦出現飛行員有悖職業道德的行為，將責成有關方面視情況依法依紀對當事人作出嚴肅處理。
    其實在展開調查之前，媒體和輿論將“返航”事件的事實和細節幾近披露清楚，就如同“周老虎”照片一樣，不過是在等待一個官方的調查結果。從民航局和東航的調查方向看，飛行員成了主要調查對象。但是，調查不能僅僅止于飛行員。這次“返航”事件實質上是目前航空公司內部管理問題的一次集中爆發，不解決這些問題，事態雖可平息，但隱患猶在。
    首先是飛行安全漏洞不縮反張。按照民航飛行安全管理條例，只要飛行員出現情緒波動，航空公司就應要求其停飛。這次事件如有人為因素，那么飛行員無疑已經出現了較為嚴重的情緒波動，允許他們上機飛行已經是管理部門的失職。更為遺憾的是，5日有媒體報道，事后東航發放了拖欠的住房補貼等各項經費，參與“返航”事件的飛行員已經開始執行飛行任務。在民航局“最高可至終身停飛”的處理尚未落地之前，飛行員的情緒很難說已經穩定，為平息事件進一步加大飛行隱患，有關部門仿佛就在開安全的玩笑。
    其次，飛行員與航空公司的利益糾纏愈發突出。近年來，飛行員強行辭職被索賠天價培訓費幾乎年年發生，到這次“返航”事件，飛行員與航空公司的利益糾葛顯然在以不斷升級的顯性形式表現。這其中固然有飛行人才短缺的因素，但不同航空公司間的惡性競爭難逃其責，航空公司內部的利益溝通受阻也在推波助瀾。這種隱患不在根本上清除，只能積累更深層的矛盾并且可能以更危險的方式爆發。
    再次，民航的行政管理與市場運行相隔膜。從天價索賠到發放拖欠費用簡單行事，再到此次堅持掩耳盜鈴式的“天氣原因”，民航公司沿襲著行政權力的強權魅影，一方面沒有調整市場、規范市場的積極姿態；另一方面更無視市場的信息公開和信息對稱。以行政手段簡單處理市場問題和內部問題，無疑將使矛盾、隱患愈積愈深。
    在一項相關調查中，71.4%的人表示“鬧事飛行員飛的所有航班均不考慮乘坐”。實質上，“返航”事件已經嚴重關涉到民航信用問題，并非或許處理幾名飛行員就能根本扭轉的。有中國“航空案第一律師”之譽的航空法專業委員會主任張起淮認為“東航云南分公司的領導應該引咎辭職”，也表明“返航”事件調查不能止于飛行員，還必須在管理層面查找原因。