5月16日，在廈門召開的兩岸海上直航圓桌會議上，交通運輸部水運局局長宋德星公布了九項進一步促進兩岸海上直航的措施，而包括中遠集團、寧波港在內的多家大陸港航企業也表達了希望加強與臺灣企業合作的意愿。
　　交通部公布的九項新政分別涉及直航港口、運力調控、砂石運輸、互免稅收、互設機構、兩岸登記船舶、非商業運輸船舶、聯系實施機制和海上安全五項，其中尤以直航港口、運力調控、互免稅收和互設機構備受關注。
　　宋德星稱，首先，大陸方面增加了5個直航港口（港區），它們是：銅陵港、石島港、萊州港、臺州港大麥嶼港區、寧波-舟山港沈家門港區。截至目前，大陸方面共有68個港口（港區）為兩岸海運直航港口。
　　其次，根據《海峽兩岸海運協議》確定的“平等參與、有序競爭，根據市場需求，合理安排運力”的原則，為避免運力盲目增長，導致惡性競爭，將根據市場供求關系，以集裝箱班輪、客船和散裝液貨船為重點進行運力宏觀調控。
　　再次，自2008年12月15日起，大陸對臺灣航運公司從事海峽兩岸海上直航業務在大陸取得的運輸收入和所得，免征營業稅和企業所得稅。
　　此外，大陸方面已就落實《海峽兩岸海運協議》確定的互設機構做好了安排，歡迎臺灣航運公司在大陸投資設立經營性機構。
　　宋德星表示，自去年12月15日以來，兩岸港口的開放數量和通航船舶有了很大規模的發展，由此帶來貨量增長，令直航市場在金融危機的背景下逆勢而上。而長榮海運董事長王龍雄認為，“在金融海嘯的大背景下，兩岸之間就更要抱團取暖。”
　　值得注意的是，在圓桌論壇上，包括長榮海運、中遠集團、陽明海運等在內的多家航運企業都對直航的進一步發展提出了建議，而此次出臺的九項新政中，很多都是正是對這些建議的呼應。
　　王龍雄指出，自兩岸直航以來，船公司截彎取直，節省了時間和航油成本，從而令運營成本降低了15%-30%左右。與此同時，直航也帶動了包括港口在內的航運相關產業的發展。根據臺灣交通部門2月底的統計，來往兩岸的船舶航次由2008年的38航次增加到2009年的118航次。而受惠于此，原本在世界港口吞吐量排名中不斷下滑的高雄港，其裝卸兩岸貿易的貨物量從去年12月份的1.6萬TEU，增至3月份的7.6萬TEU，裝卸貨物量增加了4.6倍。
　　中遠集團副總裁袁小宇認為，應該建立兩岸航運主管部門定期高層會晤機制，建立兩岸共同認可的船舶標準，逐步有序的開放市場，推動陸資企業赴臺投資以及跟蹤免稅政策。
　　陽明海運股份公司副總裁王兆炫建議，未來兩岸航運管理運作更有制度化，或許可以考慮放寬營運船舶資格。寧波港集團副總裁蔡申康建議，應該進一步擴大港口的功能，探索兩岸合資經營港口和船運業務。