公平與效率的關系是辯證統一的。公平包括權利公平、機會公平、規則公平以及結果公平等。從機會公平的角度分析，公平與效率是統一的，所有促進機會公平的措施都會提高效率。從結果公平的角度探討，公平與效率又存在矛盾，過分強調結果公平，往往會造成巨大的效率損失；而發揮物質利益的激勵功能，又必須打破收入分配的平均主義，拉開收入差距。不過，這種矛盾不是絕對的。如同收入分配的平均主義會影響經濟效率一樣，收入差距過大也會抑制有效需求，導致社會沖突，從而嚴重影響經濟的正常運行。這就是說，存在一個使公平與效率相互促進的收入差距適度區間。深化收入分配制度改革，關鍵是使收入差距保持在公平與效率相互促進的適度區間。
　　處理公平與效率的關系，應以發展的觀點看待和分析問題。在經濟發展初期，生產力發展水平較低，產品供給能力嚴重不足；勞動力供給充分，資本要素稀缺。這一階段的主要任務是通過資本積累帶動勞動就業，提高產品供給能力。因此，在公平與效率的權衡上通常會更加重視效率。進入中等收入階段以后，一方面，產品供給能力大幅度提升；另一方面，收入分配差距過大會制約消費需求的增長、影響社會穩定。因此，無論保持經濟持續健康增長還是促進社會和諧發展，在公平與效率的權衡上都要求更加注重公平。黨的十八大報告指出，“初次分配和再分配都要兼顧效率和公平，再分配更加注重公平。”這就為深化收入分配制度改革指明了方向。
　　初次分配是指直接與生產要素相聯系的分配。在初次分配中，國民收入分解為勞動者報酬、生產稅凈額、企業營業盈余三部分。在社會主義市場經濟條件下，要素按貢獻參與分配的實質是要素價格決定問題。正確處理收入分配中公平與效率的關系，在初次分配領域，首先應保證生產要素所有者參與市場競爭的起點公平、過程公平，完善要素參與分配的市場機制。現階段的工作重點是，堅決根除涉及權錢交易的腐敗收入和尋租收入；打破行政壟斷與資源壟斷，完善自然壟斷行業的政府規制；破除生產要素市場分割和市場壁壘，促進勞動、資本、土地等生產要素合理流動，創造各類生產要素公平參與市場競爭的條件。應當指出的是，由勞動和資本各自特點所決定，勞動與資本相比一般處于弱勢地位。為了保證勞動要素所有者與資本要素所有者在市場競爭地位上的平等，政府有責任通過就業政策和集體談判制度等增強勞動者的博弈能力，通過勞動保障與監察制度保障勞動者的權益。現階段的重點是，促進城鎮化和中小企業發展，努力擴大勞動就業；推行企業工資集體協商制度，理順資本所有者、經理層與一般職工的收入分配關系；完善最低工資制度，建立健全工資正常增長機制。
　　在市場經濟條件下，政府以間接稅方式和國有資本所有者的身份直接參與國民收入的初次分配。正確處理公平與效率的關系，還要求政府通過稅種、稅率和國有企業利潤上繳比例的調整，協調好政府、企業與勞動者的利益關系。目前，我國間接稅比重高達70%以上。由于間接稅會直接進入市場價格，間接稅比重高不僅嚴重影響企業的市場競爭力，還會通過稅收轉嫁，加重中低收入群體的稅收負擔。此外，我國國有企業上繳利潤比例過低，一些企業高管人員薪酬福利侵蝕企業利潤；還存在少數人無償或低價占有、使用公共資源等問題。因此，深化初次分配領域改革，應在保持宏觀稅負水平基本穩定的前提下，逐步降低間接稅比重，切實減輕中小企業稅負；提高國有企業利潤上繳比例，改革國有企業高管人員的薪酬分配制度，嚴格征收資源占用稅，進一步完善國有資本和公共資源的收益分配機制。
　　再分配是在初次分配的基礎上，政府通過直接稅和轉移支付等手段對國民收入在全社會范圍的第二次分配。再分配的目的是彌補初次分配的不足，把收入差距控制在有利于效率與公平相互促進的適度區間，并盡可能促進起點公平。現階段我國分配領域存在的突出問題是再分配存在逆向調節問題。目前，我國直接稅比重不足30%，其中個人所得稅不僅因占比過低難以發揮對居民收入差距的調節作用，更由于高收入群體具有更多的避稅手段，導致個稅收入主要來自中低收入的工薪階層；財產稅所占的比重更低，遺產和贈予稅還無從談起。從轉移支付角度看，我國城鄉之間、地區之間在社會保障支出以及教育、醫療等公共服務支出上還有較大差距。基于這種情況，再分配領域收入分配制度改革的重點是在減少間接稅的同時增加直接稅；減輕中低收入者稅負，完善高收入者個稅征收與監管；適時開征房產稅、遺產稅、財產贈予稅等財產稅。按照全覆蓋、保基本、多層次、可持續方針，以增強公平性、適應流動性、保證可持續性為重點，全面建成包括社會保險、社會救助、社會福利制度在內的、覆蓋城鄉居民的社會保障體系。進一步加大對貧困地區和“三農”的財政支持；加大教育、醫療、就業、扶貧開發等方面的支出，并重點向農村、邊遠、貧困、民族地區傾斜。