在新一輪政府機構(gòu)改革中，醫(yī)保基金管理權(quán)歸屬迷霧重重。據(jù)估算，截至2012年末，人社部管理的醫(yī)保資金規(guī)模近1.2萬億元，衛(wèi)計委管理的新農(nóng)合資金接近3000億元，兩者相差懸殊。一時間，人社部接管新農(nóng)合被認為鐵板釘釘。但衛(wèi)計委方面并不甘心。多位重量級人物或上書高層或是直接表態(tài)，鼓吹由衛(wèi)計委系統(tǒng)“一手托兩家”（即既管醫(yī)療機構(gòu)又管醫(yī)保基金），總計1.5萬億元的醫(yī)保資金管理權(quán)歸屬仍待確定。
　　醫(yī)保基金是公眾的治病錢和救命錢，建立收支明晰、管理完善的醫(yī)保基金，需要有一個專業(yè)而獨立的監(jiān)管機構(gòu)。現(xiàn)如今，城鄉(xiāng)醫(yī)保基金卻分屬兩個部門管理，多一套行政系統(tǒng)就會多一套行政開支，這不僅是毫無必要的機構(gòu)職能重疊，更是無謂增加成本的嚴重資源浪費。“整合城鄉(xiāng)基本醫(yī)療保險管理職能”因此勢在必行。現(xiàn)在的問題是，誰整合誰？因為涉及部門既得利益，于是在公眾看來非常簡單的事情，也變得異常復(fù)雜起來。
　　按照財務(wù)制度設(shè)計常識，如果負責管錢的和負責用錢的是同一家，發(fā)生財務(wù)風險的概率必然大大增加。因此，衛(wèi)計委提出的“一手托兩家”，既管醫(yī)療機構(gòu)又管醫(yī)保基金，其實是有矛盾的。誰都知道，衛(wèi)生部門監(jiān)管公立醫(yī)院，基本上是老子與兒子的關(guān)系；如果再由衛(wèi)生部門負責與公立醫(yī)院“談判”醫(yī)保基金支付，怎么可能做到客觀公正？現(xiàn)在的新農(nóng)合基金所遭遇 的“一堆亂賬，沒法清理”批評，根源正在于衛(wèi)生部門的“一手托兩家”。
　　醫(yī)保是保險型的制度安排，不是公款福利性制度安排，衛(wèi)生部門和公立醫(yī)院的利益鏈條不切斷，很難贏得公眾信任。與之相比，人社部門主管醫(yī)保基金，顯得要相對獨立一些。但是同吃財政飯，真正能獨立到哪里去亦很難說，否則醫(yī)院虛掛病床套取基金也不會那么泛濫。說白了，人社部門管理的城鎮(zhèn)醫(yī)保也沒能展現(xiàn)出“看得見”的高效公正。比如設(shè)立醫(yī)保定點，主要考慮的是醫(yī)保機構(gòu)的管理方便，而不是醫(yī)保患者的就醫(yī)方便和醫(yī)療機構(gòu)的競爭公平。
　　醫(yī)保機構(gòu)代表患者的利益，去與醫(yī)療機構(gòu)討價還價，以比弱勢患者更強的話語權(quán)，限制醫(yī)院的大處方大檢查，遏制藥物價格和檢查價格的虛高——這是我們所期待的畫面，也是真正獨立的醫(yī)保機構(gòu)，所理應(yīng)具有的負責任的專業(yè)素養(yǎng)。可惜，無論是人社系統(tǒng)還是衛(wèi)計委系統(tǒng)，它們所分管的醫(yī)保基金都沒能展現(xiàn)出這種秉性。因此，我們不得不擔憂：部門爭搶管理醫(yī)保基金背后，除了部門利益的直接角逐之外，可曾還有以患者利益為本？
　　社科院專家朱恒鵬指出，兩大系統(tǒng)其實都管不好，因為這是一個公立醫(yī)院壟斷的格局。醫(yī)保付費方式要發(fā)揮作用就要有選擇權(quán)，你干不好我明年不用你，而現(xiàn)在的公立醫(yī)院，什么樣的付費方式都管不住它。是的，管辦不分、醫(yī)療體制不理順，所有醫(yī)保付費方式都不能發(fā)揮有效作用。人社系統(tǒng)也好，衛(wèi)計委系統(tǒng)也罷，爭管醫(yī)保基金不能只沖著部門利益，更應(yīng)該努力實現(xiàn)患者利益的最大化，努力解決一些根本性的問題。