建立存款保險制度，如果僅僅依靠向存款類金融機構收取保費，就會出現兩難局面：如果保費費率過低，就需要花費很長時間來積累資金，因而不得不繼續依靠中央銀行來維持信用等級；但如果費率過高，又會加重存款類金融機構的財務負擔，并最終將成本轉嫁給工商企業，阻礙實體經濟的發展。
因此，建立存款保險制度理應多方籌資，而不是僅僅依靠收取保費。日本當年在建立存款保險制度時，啟動資金是由中央財政、中央銀行以及銀行業協會三家各出資1／3。有鑒于此，中國在建立存款保險制度時也應由三方共同出資，而不是由人民銀行一家單獨承擔。其理由如下：
首先，建立存款保險制度屬于國家公共事業，理應由中央財政提供部分資金；其次，建立存款保險制度可以大大節省中央銀行作為最后貸款人所提供的救助資金，理應由中央銀行提供部分資金；最后，建立存款保險制度，可以為整個銀行業提供安全保障，理應由銀行業協會提供部分資金。
然而，由于中國的銀行業協會擁有資金十分有限，難以提供足夠的資金支持。但是中國擁有獨特的匯金公司，因此可以通過減持國有銀行股份的方式籌集資金，并將所籌資金投入到新建的存款保險機構作為資本金。這樣，既可以解決建立存款保險制度的啟動資金問題，還可以為銀行業建立公平的市場競爭環境，從而履行政府應盡的職責。
關于存款保險的組織形式，大多數人的共識是必須建立存款保險機構。但有一種觀點主張分兩步走：先建立存款保險基金，然后再建立存款保險機構。我認為，這種做法無異于
“分兩步跨過同一條河流”。根據中國國情和國際趨勢，建立存款保險制度最好一步到位，直接設立獨立的存款保險機構。其理由主要是：
首先，如果僅僅是建立基金，就必然有一個放在誰下面的問題。有人主張放在銀監會下面，理由主要有三：一是保護存款人合法權益是法律賦予銀監會的重要職責；二是存款保險基金的性質、定位與央行最后貸款人職能不同，從相互制衡的角度看，二者應適當分離；三是存款保險基金由監管部門管理，有利于對存款類金融機構從市場準入、日常監管到問題處置、市場退出等進行全過程監管。
而另一些人則主張將存款保險基金放在中央銀行下面，理由主要有三：一是存款保險基金不足時，中央銀行可以提供信用支持；二是存款保險與中央銀行再貸款功能有著天然的內在聯系；三是與證券業、保險業不同，銀行業作為我國金融業的絕對主體與金融穩定關系重大。
經過多年研究我們認為：首先，存款保險基金無論是放在監管部門下面還是放在中央銀行下面，都會存在很大問題。如放在監管部門下面，則有可能導致監管部門因掩蓋自身監管失誤的責任而出現
“監管寬容”，致使該退出的存款類金融機構不能夠及時退出，進而導致存款保險資金的無效投入；另一方面，如放在中央銀行下面，又有可能導致中央銀行隨意通過投放再貸款來彌補存款保險基金因自身經營不善而導致的財務窟窿，從而損害中央銀行貨幣政策的獨立性，導致貨幣的額外超發，進而引發通貨膨脹。因此，無論是存款保險與監管部門之間，還是存款保險與中央銀行之間，都需要相互制衡。而獨立設置存款保險機構最符合國家整體利益，能夠有效防止部門利益。
其次，建立獨立的存款保險機構有助于多方籌集資金承擔成本，分散財務風險，防止中央銀行因負擔過重而出現貨幣超發；還有助于在短期內迅速提高存款保險機構的權威性，穩定金融市場信心；更重要的是，建立獨立的存款保險機構有助于加強存款保險資金的運營管理，防范存款保險自身的道德風險。
再次，建立獨立的存款保險機構符合國際潮流。據不完全統計，在實行存款保險制度的國家中，獨立設置的存款保險機構在2000年時共有15個，占23％；2010年為36個，占38％；2011年底為54個，占65％�？梢�，獨立設置機構已成為存款保險制度安排的基本趨勢。
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如何加強存款保險機構與金融安全網其他機構的協調配合 |
如單獨設置存款保險機構，一個重要任務就是要加強其與監管部門、與中央銀行的信息交流和協調配合，以減少扯皮現象。
首先，建立分工明確、權責清晰、相互共享的信息交流機制。目前有關部門之間的所謂“監管權之爭”，其原因之一在于存在認識誤區。其實監管權可分為兩大部分：一是檢查權，二是處罰權。
關于檢查權，從一些國家實踐來看，金融安全網三大機構的檢查重點并不相同：監管部門主要是檢查金融機構是否違法違規，中央銀行主要是檢查金融機構的財務狀況和流動性狀態，而存款保險機構主要是檢查金融機構中存款人的相關信息是否完備。實踐中，中央銀行和存款保險機構的檢查工作有時還可以委托監管部門代理實施或依法提出信息共享要求，并不一定非要親力親為。
與之相關，處罰權也各不相同。監管部門主要是依據監管法律法規對違法違規的金融機構進行行政處罰或追究法律責任；中央銀行主要是通過解除與金融機構之間簽署的清算合同或信息披露來對違約的金融機構進行懲罰；存款保險機構則可依據存款保險法對違規金融機構通過提高費率或信息披露等方式進行懲戒。
其次，完善三大機構的決策機制。一是在銀監會、證監會、保監會三大監管部門之上建立“金融監管委員會”作為決策機構，并吸收中央銀行、存款保險機構的代表進入“金融監管委員會”，以加強監管部門與二者之間的協調配合。
二是將“貨幣政策委員會”從咨詢機構提升為決策機構，以中央銀行為主，同時將監管部門、存款保險機構的代表吸收進來，以加強中央銀行與二者之間的協調配合。
三是成立“存款保險運營委員會”作為存款保險機構的決策機構，以存款保險機構為主，同時將監管部門和中央銀行的代表吸收進來，以加強存款保險機構與二者之間的協調配合。
最后，構建完整的風險處置流程和危機應對機制，明確金融安全網三大支柱的分工與權責。當金融風險發生時，首先應由“金融風險評估小組”進行研判，看其是否屬于系統性風險，如果屬于系統性風險，就需要馬上上報國務院
“金融危機應對辦公室”，由國務院出面協調所有相關部門組織危機應對。
如果經“金融風險評估小組”研判后認為不屬于系統性風險，則需要進一步判斷其風險性質：如屬于違法違規經營，則交由監管部門負責處置；如屬于流動性危機，則交由中央銀行進行救助；如屬于已經資不抵債，則交由存款保險機構進行破產處置。