一是如何實現低收入群體收入倍增。對低收入群體而言，其收入來源主要是工資性收入、經營性收入和財產性收入等，來源門路不廣、渠道不多，且多在整體平均工資較低的行業就業，加之勞動技能水平低且固化，使之成為城鄉居民收入倍增的“短板”。其中又以城鎮低收入者、困難家庭戶、農村低收入群體增收問題最為突出。
　　二是如何協調職工收入提高與企業成本壓力矛盾。能否實現城鄉居民收入倍增戰略目標，在很大程度上取決于工資性收入能否有一定幅度的增長。而隨著工資水平的提高，企業用工成本勢必增加。如果企業“增薪提價”，則工資——物價輪番上漲的成本推動型通脹將部分抵消收入增加效應。因此，如何通過提高勞動生產率以及政府和企業間的利益調整，在不增加企業用工成本的前提下，還能推進員工工資提高和兼顧產業結構優化是又一難點所在。
　　三是如何處理城鄉居民收入(消費)提高與投資水平關系。盡管改革開放以來居民消費保持了較快增長，但居民消費率(即居民消費占GDP比重)卻呈不斷下降趨勢：1978年居民消費率為488%。20世紀80年代基本在50%左右波動，90年代后逐年下降，2007年以來一直維持在35%左右，而投資率則不斷提高，2009年達到46.8%，消費和投資增速比例的擴大已經成為居民收入增長緩慢，進而內需不足，尤其是消費需求不足的重要原因。如何將投資轉變為消費，通過城鄉收入倍增，提高城鄉居民消費率，實現宏觀經濟“三駕馬車”，即消費、投資、出口協調拉動，是收入倍增計劃的重點和難點。
　　四是如何突破農村土地、房屋、資源等產權制度。長期以來，城鄉二元戶籍制度不僅造成城鄉居民在眾多基本公共權益方面的不平等，而且使農村資源與生產要素價格被嚴重低估，農村資源與要素所有者或使用者的權益不是被剝奪，就是得不到實現。如何通過城鄉聯動的戶籍制度改革，進一步理順和明晰城鄉各類資源與要素的產權關系，尤其是對包括征地制度、農用地制度、集體建設用地制度、宅基地制度在內的農村土地制度，農民住房制度以及農村社區集體經濟收益分配等制度進行改革，以探索農村集體所有制的有效實現形式，進而實現和提高農民被低估的財產性收入，既是實現農村居民收入倍增的難點，又是突破口。
　　五是如何既實現居民收入倍增，又縮小城鄉、行業、區域、階層間收入差距。城鄉二元戶籍制度是城鄉一體化發展的體制障礙，是造成城鄉居民收入差距懸殊的主要原因；行業壟斷，尤其是行政性壟斷，則是導致我國行業間收入差距的主要原因；區域資源稟賦、基層設施和產業發展基礎的差異導致了區域間居民收入的差距；而社會各階層成員的勞動技能差異和權利不平等因索，是階層之間收入差距懸殊的重要原因。如何破解上述體制性障礙，既是實現城鄉居民收入倍增，又是縮小城鄉、行業、區域、階層間收入差距的關鍵和難點。