日本農產品流通有很多中間環節。從農家到消費者之前，奶產品需經過酪農農協、乳業加工廠商；蔬菜需經過農協、市場；大米需經過農協、政府、米谷業者。為了保障農戶在產品流通中的利益，政府這只“手”始終發揮著作用。
早在1966年，日本就出臺了《蔬菜生產上市安定法》，建立蔬菜基地，適時調節蔬菜價格，并保護菜農的利益和積極性。2010年3月，日本內閣會議通過了新的《食品、農業和農村基本計劃》，提出要從增加農民收入的角度出發，創造新的商業模式。
目前，為了減少流通環節雁過拔毛，日本地方政府提倡農產品直銷。比如山梨縣政府，提供補貼和援助，鼓勵農民發展第三產業，自己尋找直銷渠道或者建立直銷店。不少蔬菜直銷店位于交通要道上，方便司機休息時購買。由于直銷店產品比超市便宜不少，而且是新采摘的最新鮮產品，所以不少東京市民專程到這里來購物。
日本的農產品直銷形態各異，有農民把產品放在自己家里，通過網絡等現代科技手段直接銷售給客戶，目前，在日本網上購物流行，蔬菜網上銷售也成為新生事物，只是消費者一次購買量要大，少了運輸成本太貴，不劃算。有的在農協的幫助下多家出資建立農產品直銷設施，把農產品拿到設施里直接銷售。記者去年曾參觀過千葉縣神崎町的農產品直銷設施，面積僅幾十平方米，大約有幾百家農民的蔬菜和加工食品在這里銷售，附近的市民徒步或開車到這里購買農產品，由于神崎町提倡有機農業，這里的蔬菜和加工食品大多是有機的，強調不用農藥和化肥，雖然看上去這里蔬菜個頭并不大，但由于確保食品安全，每天下午，這里人來人往顯得十分熱鬧。
農產品直銷，可把流通費用降到最低，市場價格可成為農民的全部收入，農民收入大幅提高；農產品直銷，農民可直接定價，一般情況下低于經過諸多流通環節的商店零售價格，深受消費者的歡迎；農民在銷售農產品的過程中可直接聽到消費者對農產品的評價，對提高農民種田的積極性有很大幫助。這是一個增加農民收入降低菜價的最好方式之一。但日本小型城鎮農產品直銷搞得相對成功，大都市圈農產品消費因為需求量大，小規模經營的多數農家難以滿足需求，大多要通過農協代理銷售，經過諸多流通環節。總起來說，在日本蔬菜直銷的數量還不夠大，約為蔬菜總產量的10%左右。大米的直銷量最大，截至2009年已占全國大米產量的36%。
日本的流通環節多雖然在一定程度上推高了菜價，但總體來說各個環節推高菜價的空間不大，因為無論農協還是批發商所占的比例都是固定的，農協因為不是盈利機構，而是代表農民利益的類似于工會的組織，不可能從中牟取暴利，批發商根據市場價格與農協談判，最終只能賺取7%至8%的手續費，到了商場也只能在進貨的價格上加40%左右，太高了賣不出去，同時也受日本反暴利法的限制。因此，日本的菜價總體來說是比較穩定的。主要影響菜價的因素是季節和氣候。冬天新鮮蔬菜多在大棚里種，農民種菜成本高，自然新鮮蔬菜價格比其它時間要高上一倍左右，夏天干旱或發生水災、蟲災等天災，蔬菜收成不好，價格會貴一些。但這種情況不是太多，因為有進口蔬菜補充。進口蔬菜價格相對便宜。
日本的蔬菜自給率可達60%，剩下的部分依賴進口，日本為了控制外國蔬菜沖擊本國蔬菜，進口外國蔬菜時關稅很高，檢查嚴格，而且限量，如果某種蔬菜收成不好，日本會根據情況調整蔬菜進口比例。日本的蔬菜價格居高不下主要原因是政府保護農民利益限制進口外國農產品的政策所致，好處是有關法規和制度比較健全，各個流通環節都不能牟取暴利，哄抬物價，農民利益也可以得到保護，菜價相對穩定。