中國鐵路總公司的設立標志著鐵路行業政企分開邁出實質性步伐。總公司承擔以鐵路運輸為主業的企業職能，并承擔鐵路安全生產主體責任。總公司作為國有獨資的鐵路運輸企業，在提供運輸產品和服務的同時，須接受交通運輸部、國家鐵路局的監管和行業管理。
　　關于監管或管制，市場經濟國家通行的做法是由監管主體依據法律、法規對被監管主體即企業或行業實施的一種干預或糾偏行為，即管理學意義上的控制。這種控制是以具體的法律法規為目標或依據，對于不符合目標或依據的企業行為進行強制性處置或處罰。鐵路是基礎性交通設施，鐵路運輸行業由于其基礎性、開發性、外部性、戰略性以及鐵路網絡設施所表征出的自然壟斷屬性，一直是政府監管最早、最多、放松最晚的行業之一。在我國，由于鐵路運輸在國民經濟中具有重要地位，鐵路又被賦予國民經濟大動脈、大眾化交通出行工具的職責，因此對鐵路行業的監管將是必不可少的一項政府職能或社會職能。一般的，對鐵路的監管或管制又可細分為安全監管、市場監管和經濟監管，三種監管均不可或缺，又互為補充。
　　運輸業攸關人民群眾生命財產安全，所以安全監管是對鐵路運輸最重要的監管，這種監管不僅體現在安全標準的制定或監督落實，還體現在對安全預防措施實施、安全管理體系建立以及應急響應預案編制的監督落實。安全監管由于專業性強，這里不作展開論述。
　　市場監管側重于維持市場的充分競爭性，雖然目前中國鐵路總公司幾乎提供全部鐵路運輸服務，但鐵路客、貨運輸只占運輸市場份額的29.4%和16.9%，不具有市場占優地位，不具有運輸市場上的壟斷地位。當然，我國區域經濟發展不平衡，某些局部區域可能無替代性運輸方式或其他運輸方式不充分，鐵路運輸可能在供給上有一定壟斷地位，市場監管就要防止壟斷運輸提供商利用壟斷地位來獲取壟斷利潤。考慮到我國鐵路路網尚未完備，公路比鐵路相對來說更遍及，因此，交通運輸部層面對鐵路暫無必要過多市場監管。鐵路運輸產業層面，鑒于目前總公司旗下有18個鐵路局和3個專業運輸公司，它們均是注冊運輸企業和法人，國家鐵路局應該創設內部競爭環境，承擔鐵路運輸企業的資質認定，鼓勵更多合格市場主體進入鐵路運輸市場，以此來引入競爭，提高鐵路運輸效率。當然，對于偏遠路局或地方虧損支線，在沒有進一步重組整合前，國家鐵路局應監督其成本收益管理，明確和落實國家補貼政策、標準以及實施細則。
　　美國鐵路客運由國有鐵路公司Am-trak獨家提供，盡管有壟斷嫌疑，但發達的民航及高速公路使美國鐵路客運只占不足 1%的市場份額，并出現虧損。這種情形下，美國政府自然無須對Am-trak提出壟斷調查，反而平均每年補貼十多億美元。但對鐵路貨運，管制機構卻注意防止壟斷，保持競爭，同時還在兼顧它們的規模經濟和競爭力。在美國，年收入在2.5億美元以上的貨運公司為Ⅰ級貨運商，1973年美國有73家Ⅰ級貨運商，正是注意到規模不經濟和過度競爭，美國政府一度積極鼓勵貨運公司兼并，到2000年銳減為7家（包括2家加拿大公司），市場份額占到2/3，另有500多家Ⅱ、Ⅲ級鐵路公司。政府和多數學者認為現在的產業集中度兼顧了規模經濟和競爭環境，不宜再進行兼并，因此管制機構對橫跨東西的貨運公司兼并非常審慎，要求合并方充分說明兼并對公眾利益的改善。
　　經濟監管主要側重于運價監管、企業或行業利潤監管等。我國鐵路運價標準一直由發改委核準制定，鐵路企業幾乎沒有運價自主性，由此也部分決定了鐵路企業或行業利潤率偏低、收益性不足。從世界范圍看，鐵路客運在發達國家已經被看作是公共交通的拓展，是一種具有公共品性質的基本品。鐵路客運定低價可以促進基本出行服務的充分供給，有利于社會福利提升，為此，鐵路客運需要補貼，或來自政府，如歐美國家；或來自貨運或運輸多元經營，如俄、印、中；而日本則有些特殊，日本本州地形狹長、人口密集，再加上極高的出行率使本州三個客運公司實現盈利，但相當大的一部分收入來自“關聯事業”，即多元經營；而另外三島的三個客運公司則需要經營穩定基金的補貼來維持運營。歐洲也有細分：德國側重補貼區域客運，長途客運執行市場化定價；法國把普速鐵路看作基本品進行補貼，高等級鐵路運輸更多運用市場定價或效率定價方法。我國鐵路政企分開后，定價自主性會增強，運價市場化程度會上升，對運價的管制也會分化。凡政府補貼的，運價制定可采用價格聽證制度；財政不補貼的，定價權交由運輸企業，但仍需要一定的限價監管來逐步過渡，因為我國情況比較復雜，不能完全排除鐵路運輸在局部市場或特定物資運輸上具有占優或支配地位。借鑒美國經驗，運價應位于可變成本的1—1.8倍區間內，超出此區間則應管制調查。此外，為促進鐵路運輸企業開拓和穩定市場，鼓勵合同運輸，合同運價可免除管制，由市場主體平等自愿協商決定。另外，農業是弱勢產業和基礎性產業，是具有正外部性的產業，因此即使在自由主義傳統的美國，農業也受到運價優惠。我國也應保持并適度加大涉農物資運輸的優惠力度，為此需要相應的運價管制。
　　未來，隨著我國多種交通運輸方式的競爭和發展，以及需求環境的改變，運輸買方市場特征逐漸顯現，這就要求給予運輸企業更大的價格自由度，以充分發揮價格機制在資源配置、促進競爭、增進效率方面的作用；同時還需防止局部鐵路運輸企業對無替代運輸貨主收取高額收益，在判斷壟斷程度時，美國鐵路運輸企業市場占優的三種情形有參考意義：即運價擬變動的鐵路占有運輸市場70%以上的運量；運價高于變動成本的180%；貨主對鐵路設備有大量投資對鐵路運輸有沉沒成本。
　　在政企分開目標下，運價管制也應體現運價公平合理與運輸企業合理利潤相結合理念，既促進社會整體經濟與福利的發展，又確保企業的財務獨立性和可持續性。為防止部分鐵路運輸企業獲取壟斷利潤，運輸成本應該明確核算，鐵路企業制定并公布成本指數是實施運價管制的前提。對于外圍虧損線路、收益不充足企業，可以根據運輸成本指數制定提價和政府補貼細則，考慮到我國鐵路運輸公益性和開發性更強特征，收益不充足運輸企業提價速度應更審慎，借鑒美國鐵路收益不充足企業提價細則，可以規定3年內每年可按高出成本回收指數 3%—5%速度提價，但累計不能超過一個上限，提價不能滿足正常收益部分，由政府或受益方，包括地方政府來補貼。
　　由于我國整體社會處于工業化、城市化中期，鐵路運輸對于區域經濟增長、產業結構優化、集中統一市場形成及社會福利提升具有正外部性。因此，對于我國鐵路運輸問題，應該在加強運價公平合理性監管的基礎上，兼顧運價管制的效率性。具體而言，客運宜維持統一的定價標準以保持出行權的公平性，且鐵路客運宜維持低價位以增進民眾福利。對于貨運，由于貨物供需雙方基本都是市場主體的經濟行為，因此宜進一步放松運價管制。特別是我國鐵路單位運價明顯低于公路和航空，鐵路運價上升也使運量難以快速下降，即需求彈性小。而鐵路客運由于其他運輸方式的競爭，以及鐵路客運隨著高速鐵路的發展而供給能力發生階躍，需求彈性大，因而維持客運低價、貨運適度提價，特別是發達區域間貨運提價是符合拉姆齊差別定價原則的，對于社會福利是有正向貢獻的。考慮到目前我國鐵路運輸的低價位，我國鐵路運價管制放松后，預計運價會出現一定程度上升。美國鐵路運價放松管制后總體運價也是先出現上升后呈總體下降特征。長期看，隨著產業結構升級及各種運輸方式的競相發展，預計我國鐵路運價也會出現先升后降，這將更利于總體社會福利的增進。