改革開放以來，我國已有2.53億農業人口轉移到非農產業，成為處于城鎮中的特殊群體——農民工。如果說農業人口非農化轉移與永久性鄉城遷移相脫離，以低勞動力成本支撐了中國工業化發展，那么在新的歷史條件下，這種分離的負面效應日益顯現。推進農業轉移人口市民化已成為現階段轉變經濟發展方式，促進中國二元經濟轉型的關鍵。
農業轉移人口市民化受到城鎮綜合承載能力的制約。受中西部中小城鎮就業承載能力不足的影響，農業轉移人口大多流向東部地區和大城市。2011年在東、中、西部務工的農民工分別為16537萬人、4438萬人和4215萬人，分別占農民工總量的65.4%、17.6%和16.7%。流入東部地區的農民工絕大部分進入了京、津、滬三個直轄市和廣東、浙江、江蘇、山東等省份。發達地區和大城市雖然就業機會較多，但生活成本也高，農業轉移人口難以永久性遷入。受資源環境承載能力的限制，大城市、特別是特大城市的戶籍門檻隨著外來人口的增加也日漸提高。
就業穩定差、收入水平低，與在城鎮永久定居、承擔高生活費用的矛盾。2011年農民工從事現職累計不滿1年的占22.7%，1-2年的占43.1%，二者合計高達65.8%。由于對非農就業沒有長期穩定預期，農業轉移人口缺乏人力資本投資的動力和融入市民社會的意愿，也難以放棄農業經營。而企業培訓、社會保障、進城落戶等都與農民工的就業年限高度相關。2011年農民工家庭人均工資收入為10508元，遠低于城鎮居民人均消費支出的15161元。由于工資水平低，農民工難以承擔舉家定居城市的生活成本，不得不讓老、婦、幼留守農村。
土地制度及其功利性改革措施，與推進農業轉移人口市民化相矛盾。現有征地制度征地范圍廣，補償標準低，土地補償款難以彌補市民化成本，低價征地高價出售又抬高了房地產價格，增加了農業轉移人口的居住成本；收回承包地的規定提高了農業轉移人口市民化的機會成本；包括宅基地在內的集體建設用地的流轉限制，不僅使農業轉移人口無法獲得土地及房產的增值收益，不能為其定居城市提供財力支持，還導致農村土地資源的嚴重浪費。
近年來各地土地制度改革多把著眼點放在爭取更多的城鎮建設用地上，具有很強的功利化色彩。第一，發達地區的征地補償遠高于國家規定的補償標準，由于缺乏對土地增值收益的合理分配，有些農民一夜暴富，加大了發達地區征地農民與城市居民、邊遠地區農民的利益矛盾，而且由于土地增值預期的提高，農民更加不愿轉讓土地；第二，現階段我國許多地區實行的“土地換社保、土地換住房”改革難以得到農民的積極配合。隨著土地增值潛力的不斷增長，農業轉移人口放棄土地獲得市民身份的機會成本越來越高。據國務院發展研究中心的一項調查，84%的農民工希望進城定居后能保留承包地，67%的農民工希望能保留宅基地。第三，當前城鎮建設用地增加與農村建設用地減少相掛鉤的政策，沒有與吸納農業轉移人口的數量結合起來，造成人口輸入地與輸出地之間人口與土地資源配置的嚴重失衡。
公共服務均等化需求受地方政府滿足需求的動力和財力不足的制約。盡管農民工已在城鎮就業，卻只能分享城鎮基礎設施、公共交通、社會治安等非排他性公共服務，卻不能享有與城鎮戶籍捆綁在一起的政府補助性住房、子女在公立學校就學等排他性公共服務。農業轉移人口享有與城市居民相同的排他性公共服務，必將大幅度增加地方政府的財政支出；隨著農業轉移人口規模的擴大，非排他性公共服務供給也必須大幅度增加。但是城鎮公共服務經費依戶籍人數而定，地方政府沒有動力、很多地方政府也沒有多大潛力為農業轉移人口提供公共服務。
農業轉移人口市民化是一項宏大而復雜的社會系統工程。既要根據各地實際提出具體對策，又要根據我國二元經濟轉型與現代化建設全局，進行戰略謀劃與頂層設計。
把城鄉、產業、城鎮、區域結構調整結合起來，提高城鎮綜合承載能力，為農業轉移人口提供就業崗位和生活空間。引導產業向中西部中小城市及鎮梯度轉移；以城市群為主體，實現大中小城市協調發展；注重資源節約與環境友好，實現城鎮可持續發展；統籌城鄉發展規劃、產業布局和公共服務。
把勞動力市場建設，與對農業轉移人口的人力資本投資相結合，提高農業轉移人口的市民化能力。應建立統一開放、競爭有序的勞動力市場，切實保障農業轉移人口的合法權益；同時應建立完善農業轉移人口的人力資本投資機制，提高其從業競爭力。
深化土地制度改革，在保護農業轉移人口土地權益的同時，促進農業規模化經營。第一，處理好城鎮建設用地與糧食安全、農業現代化的關系。完善耕地補償制度，加強耕地質量建設，建立健全耕地保護和建設的長效機制；科學規劃、集約用地，限制城鎮用地盲目擴張。第二，合理界定公益用地范圍，根據同地同價原則，按照土地市場價格確定征地補償標準。第三，培育城鄉統一的建設用地市場，保障農民依法享有集體建設用地的收益分配權。第四，在不改變所有權性質的前提下，強化承包地和宅基地的用益物權屬性，積極探索農業轉移人口依法處置承包地和宅基地的有效形式。
把加強公共服務供給與財政體制改革相結合，逐步實現公共服務均等化。第一，探索過渡性農業轉移人口的公共服務制度，逐步實現城鎮基本公共服務全覆蓋。第二，構建財權與事權相匹配的財政體制。提高地市與縣級財政能力，增加市轄區公共服務的財政投入力度，提高經濟強鎮稅收留成和土地出讓金的比例，逐步實現人均公共財政支出大體相等。第三，通過按常住人口安排財政轉移支付和增加直接稅等改革措施，形成地方政府吸納外來人口的激勵機制。第四，設計與土地流轉、土地增值，以及與土地使用有關的稅種，規范土地財政為稅收財政，合理分配土地轉變用途后的增值收益，為公共服務均等化提供財力支持。