農村金融服務是世界性難題，尤其是在我們這樣一個發展中大國，人多、地少、農地經營規模狹小、發展不平衡，搞好“三農”金融服務，更為艱巨，也更有挑戰性。黨的十六大以來，農業銀行始終致力于加強和改善“三農”金融服務，特別是近五年來，農業銀行按照黨中央要求，不斷摸索，初步走出了一條面向“三農”和商業運作有機結合的新路子。截至2012年9月，農行涉農貸款余額1.
85萬億，比年初增加1900余億，增速11.42%，高于農業銀行全行貸款增速1. 32個百分點，比2007年增長了123%。
因農民居住分散，風險承受能力較弱且缺乏有效抵押物，長期以來，農民既難以從金融機構獲取貸款，也難以享受便利的現代金融服務。為有效解決這一難題，農行專門推出了集儲蓄、匯兌結算和小額貸款等多種功能于一體的“金穗惠農卡”和以電子服務渠道建設為主要內容的農村金融服務網絡建設“惠農通”工程。截至2012年9月，農行已累計發放惠農卡1.22億張，覆蓋全國1億余農戶，覆蓋率超過40%；發放農戶小額貸款1051億元，全行全口徑農戶貸款余額近4000億元。同時，設立金穗“惠農通”工程服務點54.3萬個，設立助農取款服務點23.6萬個，布放電子機具107萬臺，電子機具對全國鄉鎮、行政村的覆蓋率分別達77%、52%。依托金穗“惠農通”工程，在1043個縣代理新農保、688個縣代理新農合項目（合計占全國有農業人口縣市區旗的50%），代理糧食直補、家電下鄉補貼、農村低保等惠農項目417個，累計歸集資金1402億元、發放1076億元，做到了“卡到戶、機到村、錢到賬”，讓農民“足不出村”就可以享受到便捷的基礎金融服務。
農業銀行積極發揮農村金融骨干和支柱作用，持續加大對農田水利等基礎設施建設、農業產業化發展和農業科技進步的金融支持力度。在農田水利方面，農業銀行以支持大型水利項目、江河治理、小型農田水利和新型節水高效農業等重點領域，不斷加大信貸投入，截至2012年9月末，農業銀行農田水利建設貸款余額達700余億元。在農業產業化方面，農業銀行以產業化龍頭企業為重點，授信2300余億元支持龍頭企業擴大生產和升級技術，用信余額達1600余億元；農行金融服務對國家級、省級農業產業化龍頭企業的服務覆蓋分別達到918家、4602家，覆蓋率分別達73.2%和52.2%。在農業科技方面，農業銀行通過加大產品服務創新力度，大力支持農業科技創新與發展，截至2012年9月末，農業銀行已為全國244戶農業科技企業提供信貸支持，授信總額97.49億元，貸款余額68.12億元；已與全部65家國家級農業科技園區建立合作關系，農業銀行支持的國家農業科技園區入駐龍頭企業超過4500家，推廣應用新技術超過5400項、新品種超過8000個。
在支持城鎮化方面，適應農村城鎮化大趨勢，農業銀行大力實施“千百工程”，在全國重點支持千家國家級農業產業化龍頭企業、500個縣（市）城鎮化建設、千所優質縣級綜合醫院、百個國家級農業科技園區等，并創新農村城鎮化貸款等產品，大力支持小城鎮基礎設施建設和農民進城。截至2012年9月末，農行農村城鎮化金融服務覆蓋了全國50%以上的縣域，貸款余額5120億元，比2009年增長了120%。農行北京分行創新“城鄉一體化綜合貸款”，推動首都城中村改造建設，已累計向17個重點村發放貸款逾180億元。在支持新農村建設方面，農業銀行圍繞農村基礎設施和民生工程等領域的金融需求，以農村電網、道路、住房、環境建設等為重點，積極加大信貸投放，目前，農行農村基礎設施貸款余額2500多億元。福建分行開辦了新農村住房建設項目貸款和新農村個人住房貸款等產品，貸款余額約70億元。
為確保有專門的機構、專門的人員、專門的資源專心致志服務“三農”，農業銀行對“三農”和縣域業務實行事業部制的管理模式。在事業部內部實行“六個單獨”的運行機制，即單獨的資本管理、單獨的信貸政策、單獨的會計核算、單獨的風險撥備、單獨的資金平衡、單獨的考評激勵等，在相關業務資源配置上向“三農”傾斜。目前，事業部改革各項工作取得了重要進展，事業部組織體系和治理機制日趨成熟，條線化的管理關系不斷理順，“六個單獨”的運營機制也逐步健全。總體看，事業部改革積極效應初步顯現，縣域發展資源保障進一步增強。