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當前，以大規模耗用自然資源和破壞生態環境為代價的發展模式已難以為繼，世界各國更加注重科技創新，培育戰略性新興產業，搶占未來科技和產業制高點。胡錦濤同志指出，“建設創新型國家，加快轉變經濟發展方式，贏得發展先機和主動權，最根本的是要靠科技的力量，最關鍵的是要大幅提高自主創新能力。”近年來，我國科技發展較快，科技實力明顯增強，但科技發展水平與發達國家還有較大差距，與經濟社會發展需求還不相適應。我國正處在全面建設小康社會的關鍵時期和深化改革開放、加快轉變經濟發展方式的攻堅時期，必須抓住新一輪科技革命的戰略機遇，進一步深化科技體制改革，創新科技體制機制，為科技發展提供制度保障。
創新產學研結合機制。促進企業、高校和科研機構以科技攻關為重點，通過技術入股、股份合作等形式，形成權責明確、風險共擔、利益共享的長期合作機制，激發各種科技創新要素的活力。一是股權激勵機制。產學研各方以產權為紐帶合作建立股份制企業，在企業內部整合資源進行合作創新活動，明確科技成果產權和合作各方的責權利，在企業內部分配中合理體現各方利益。二是政策激勵機制。政府通過信貸、價格、財稅等政策對企業產學研合作給予支持，使企業通過產學研合作獲得市場競爭優勢。政府可以設立技術創新風險基金、產學研合作獎勵基金等，推進產學研深度合作。三是風險管理機制。建立和完善技術創新風險預警機制與風險共擔制度，分層次、分階段分解風險責任。研發階段的技術風險主要由學、研方承擔；轉化過程的技術風險由雙方共同承擔；營銷階段的市場風險則主要由企業承擔。四是利益分配機制。分配方案應體現責權利對等原則，體現產學研各方的貢獻大小，同時注意無形資產在利益分配中的適當份額。五是協同機制。產學研結合是技術創新上、中、下游的對接，是技術創新所需各種要素的組合。企業、高校和科研機構的協同能力越強，創新績效就越顯著。應強化各方的協同合作，形成統籌各方資源協同創新的機制和流程。
創新科技創新績效評價機制。一是建立科技進步目標責任制。把提高區域科技創新能力納入政府工作日程，作為各級領導干部政績考核的重要內容。制定科技創新評價指標體系和考核辦法，系統評價監測科技創新水平。二是建立企業技術創新績效評估制度。把技術要素參與分配作為企業產權制度改革的重要內容，保證技術創新取得合理收益。制定企業技術創新評估體系，對企業技術創新項目、人才、經費投入、成果轉化等方面的成效進行定期評估，明確國有企業負責人對自主創新的領導責任。探索完善以政府獎勵為導向、企業獎勵為主體的科技創新獎勵制度。三是完善高校、科研院所科研績效考核評價機制。加強原始創新與集成創新，把獲取自主知識產權、建立產學研結合的創新平臺作為績效考核的重要指標。建立科學的科研資質和科研能力評價制度。完善政府資助項目評估指標體系和績效考核辦法。四是創新人才考核評價體系。引導和鼓勵科技人員創新創業，在職稱評定、崗位聘任、高層次人才選拔培養、研發經費等方面給予適當傾斜。鼓勵企業通過股權、分紅、獎勵等方式激勵科技人才為企業作出更大貢獻。
創新科技管理機制。一是建設資源型科技管理部門，提升科技管理能力。將過去以項目管理為主的項目型科技管理部門轉變為以統籌科技資源為主的資源型科技管理部門，跳出單純的項目管理，有效集聚和運用高校、科研院所、企業的科技資源，構建具有核心競爭力的區域創新體系。二是實施主題計劃和專項工程管理模式。構筑基于共同目標的不同技術領域相互協作機制。各類科技計劃服務于主題計劃和專項工程，加強協同創新，切實解決科技發展的重大問題。三是完善項目管理監督機制。實行重大項目立項、管理、驗收相分離的管理模式，科學設計、嚴格規范項目評審，確保評審結果的公正性。加強過程管理，落實項目承擔單位的法人責任，加強項目中期評估、驗收和檔案管理。加強科技項目經費管理，提高經費使用效益。四是完善科技投入體制。堅持政府引導與市場機制相結合，創新投入方式，優化投入結構，構建多元化、多層次、多渠道的科技投融資體系。發揮財政資金的杠桿作用，確保財政科技投入的增幅高于當年經常性財政收入的增幅。完善科技成果轉化類項目政府投入的有償使用機制。逐步擴大科技投入參股、貼息范圍，引導社會資金投入科技創新。
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