在利率管制時期，存貸利差是保障銀行利潤主要來源的基礎。利率市場化改變了利率決定方式，會直接影響到銀行的存貸利率水平，從而改變存貸利差及凈息差的變化趨勢，對銀行傳統的盈利模式造成沖擊。同樣，放松利率管制也會影響銀行的資產負債結構，從國際經驗來看，銀行在利率市場化后資金成本上升的情形下，更加偏好高利率貸款來謀求高利潤。
理論上來說，取消利率管制之后，銀行可以采用更具競爭性的利率吸收存款，即資金成本會有所上升。同時固定利率存款的占比會逐漸下降，銀行也會相應提高貸款利率的敏感性。當資產和負債的敏感性都大幅上升后，銀行暴露于利率變動的風險也會隨之增大，加之銀行間競爭的加劇，銀行存貸利差會伴隨利率市場化的進程逐漸縮小。但從全球趨勢和發達國家的數據分別判斷，結論并不完全如此，特別是從長期來看利差反而呈現了逐漸上升的趨勢。
對全球利率水平的統計回顧可以看到，一方面，利率的總體水平被抬高，即貸款收益和存款成本均有較大提升。從國外利率市場化的歷史來看，數據表明利率市場化能夠實現將負利率或低利率水平升至正利率和較高利率水平的初衷。另一方面，利率變動的彈性增強。利率市場化之后，銀行存貸款利率相對于市場利率變化的敏感性得到了提高。但利率敏感性提高后，隨之而來的銀行暴露于利率變動的風險也相應擴大。總體來看，利率市場化后存貸利差并沒有一直出現收窄，主要是由于實際存貸利差受金融市場的發達程度、市場的競爭程度、金融體制的管制水平等多種因素的綜合影響。同時，發展中國家銀行業利差普遍有升高的趨勢，并高于發達國家的平均水平。
首先，利率市場化初期有促進利差縮小的壓力，但長期有利率回升的趨勢。取消利率管制初期，銀行業競爭加劇，為爭取資金來源而紛紛提高存款利率；但短期內卻無法調整貸款結構，將貸款投放集中于更具議價能力的領域，因而貸款利率上升空間有限。而利率市場化的后期，伴隨著利率市場化過程中金融業務限制的放寬和金融創新的深入，銀行開辟了新的資金運用渠道，不必通過降低貸款利率擴大資金運用，銀行也開始追逐貸款的高利率，因此表現為長期中利差加大的效果。
其次，當利率競爭基本趨于穩定以后，非價格競爭也成為主要的、長期的競爭形式。非價格競爭會增加銀行業的經營費用，從而降低銀行的利潤水平。但銀行作為利差盈利機構，就會將經營費用的增加轉嫁于資金需求者，因而對存貸利差有擴大的要求。
最后，發展中國家銀行在資金市場具有壟斷地位，并且存貸利差是其主要的利潤來源，加之資金需求對利率敏感性低，銀行通過縮小利差也很難帶來量的提升，從而促使發展中國家在利率市場化以后甚至出現存貸利差更高的情況。
利率市場化能夠在一定程度上使存款機構吸存能力削弱的問題得到緩解，貸款業務占比也逐漸上升，即銀行業的資產負債結構得到了改善。同時改變負債結構及存款期限結構，使得資金成本上升，促使銀行傾向于發展較多的高利率貸款以取得更大利潤。
首先，利率市場化完成初期，存款占比變化趨勢平穩，貸款占比增加。美國的數據表明，20世紀80年代以后，隨著利率市場化的推進，扭轉了銀行存款占負債的比重在20世紀70年代持續下滑的態勢，表明利率放開能夠提升銀行部門相較于貨幣、資本市場的競爭力，對銀行吸存起到了一定的促進作用，保證銀行較為穩定的存款資金來源，從而減輕流動性風險。
其次，銀行負債結構中借入資金增多，存款結構由低成本存款向高成本存款轉換。一方面，利率放開也無法轉變銀行在金融體系中中介作用逐漸下降的大趨勢，混業經營管制的放松、金融創新帶來的投資渠道多樣化以及居民儲蓄傾向的下降，導致美國20世紀90年代以后存款占付息負債的比例再次下滑，從而銀行負債中借入資金增多，加大了銀行的資金成本。另一方面，利率市場化以后，銀行存款結構中的低成本存款會向高成本存款轉換。
最后，銀行更青睞于高利率貸款。首先從銀行角度來說，貸款利率上升將導致優質大企業直接融資比例提高，銀行不得不尋求新的貸款客戶，如房地產和中小企業貸款；而從客戶的角度來分析，銀行的高利率貸款也將刺激貸款客戶風險偏好的提升，使得大量信貸流向房地產等高風險領域。這都說明銀行競爭吸納存款為風險較高的私營部門提供間接融資，通常會增加銀行的經營風險，降低銀行業整體的資產質量。
此外，對凈息差的影響。銀行凈息差和銀行存貸款利差是兩個相似的概念，區別在于存貸利差代表了資金來源的成本和資金運用的收益之間的差額，而凈息差是資金運用的結果。在數量上，二者也可大可小，主要是由于存款利差并沒有考慮到生息資產和付息負債可能是由不同規模的不同金融工具構成。利率市場化對銀行存貸利差帶來的影響會與凈息差的變化有一定相關性，但從數據來看，凈息差和存貸利差的趨勢并不完全一致。