今天，雖然中國的金融市場和金融機構都呈現出快速發展的勢頭，但小微企業金融和農村金融始終是金融的兩大短板、兩大難點，特別是農村金融，受高單位成本與利潤導向之間矛盾的影響，存在供給嚴重不足的難題。要促進農村金融的供給、完善服務于“三農”的農村金融市場，就必須克服這種內在的矛盾和沖突，而在這種克服，一方面需要監管的放松和改善，另一方面需要優惠政策的支持。
農村金融長期都是中國金融體系中的薄弱點和完善的難點。過去很長一段時間，我國農村金融以國有商業銀行和農村信用社為主體，其他類型金融機構非常少。而國有商業銀行的農村信用社計劃經濟色彩明顯、經營機制落后、風險控制能力弱，長期帶病運行，最終不但未能為“三農”提供理想的服務，反而成為全社會的一個包袱，整體農村金融服務可以用“量少質差”來形容。
本世紀初，隨著幾家大型國有商業銀行先后進行股份制改造，并走向資本市場，這些銀行開始逐步收縮縣域以下的網點。雖然隨后的農業銀行股份制改革，確定了
“面向三農、整體改制、商業運作”的總體要求，但作為主要面向“三農”的唯一國有商業，農行的服務能力仍然非常有限。近幾年，在市場需求和政策支持下，其他各類農村金融機構獲得了較快的發展。到目前為止，農村金融已形成了一個由農業銀行、農村信用社、村鎮銀行、資金互助社、資產管理公司、小額貸款公司、中國郵政儲蓄銀行構成的多層次金融服務體系，金融服務能力有所加強，但還遠遠不能滿足“三農”經濟發展的需要。根據農業部對2萬多個農村固定觀察點的統計，2010年，農戶借貸資金來源于銀行貸款的比例為20.31%，比2003年增加了6.45個百分點，信用社貸款占到25.59%，比2003年增加了6.69個百分點，但非正規金融，即民間借貸仍然是農民獲得信貸的首要來源，占比為52.91%。另外，銀監會的調查表明，截至2010年全國有2312個鄉鎮沒有任何金融機構的存在。
除此之外，農村金融中的結構性問題也非常明顯，并且結構問題還有可能隨著金融改革和一些機構的改制“升級”而加重。
一是農業銀行改制上市后可能會進一步追求利潤較高的批發業務。農行改制后對“三農”的金融服務總體上會有所提升，但服務對象的“層級”提高也是一個不可回避的事實。監管部門將涉農貸款劃分為農村企業及各類組織貸款、城市企業及各類組織貸款和農戶貸款三大類，顯然，農行在前兩類貸款中具有相當強的競爭優勢，而批量大、單筆業務小的農戶貸款，其重要性可能會出現下降。
二是農村信用社升級為農村商業銀行，草根色彩也有進一步淡化的趨勢。近幾年，全國各地的農信社掀起了一輪改制為農商行的熱潮，銀監會數據顯示，截至2011年末，全國共組建農村銀行機構432家，其村商業銀行259家，當年新組建農村商業銀行154家，超歷年總和。改制為農商行對農信社本身的好處是明顯的，既可以健全體制，又可以通過募股可以迅速增強資金實力，擴大業務規模，搶占市場份額。但是，改制后農信社原來的合作互助性質也不復存在，商業化色彩進一步強化，農信社對“三農”的支持特別是對草根業務的支持會進一步削弱。
值得注意的是，繼2010年重慶農商行成功赴香港上市之后，國內多家農商行正步其后塵走向資本市場，目前已有多家農商行申請A股上市。一旦農商行批量上市，他們就會受到來自股東更強的壓力，雖然目前監管方面不允許農商行跨省拓展業務，但調整業務結構，強化非農的高利潤業務是可以預料到的。
農村金融之所以成為一個難點，根源在于它本身所固有的兩對矛盾：成本與利潤的矛盾和服務與發展的矛盾。
農村金融特別是草根金融，面向的是千家萬戶，與批發業務相比，單位服務成本要高很多。同時，農村金融又具有區域化、社區化特點，要給客戶提供優質服務，就要求經營做到本地化，而本地化又限制了金融機構的做大，而金融機構的規模做大，才能開展多種多樣的交叉業務，降低經營成本，也才能更有利地抵抗金融風險。小機構向大機構發展，小銀行往大銀行發展，從利潤動機上看是對的，但他們的發展壯大反過來使服務弱化，形成令人困惑的悖論。例如，如果對農商行跨區經營、拓展業務限制過多，他們進入資本市場的積極性就會下降，如果允許他們從事更多的經營范圍，他們就一定會去追求更高利潤的業務。
因此，發展農村金融一定要緊緊抓住這兩對固有矛盾，加以化解，一要從收入方面入手，提高其自主定價權；二要從成本著手，降低其經營成本。既要讓現有的農村金融機構如農商社、農信社在從事涉農業務時能獲取平均收益，從而刺激他們增加對涉農金融服務的供給動機，又要廣開渠道引入活水，大力發展新型金融機構，特別是草根金融。
由于金融機構的收入主要來自貸款利息和服務收費，要鼓勵機構從事農村金融服務，一定要給予其在貸款利率和服務收費方面更大的定價自主權，以使其能有效地覆蓋農村金融中特有的高成本以及特有的高風險。目前，監管中的高利貸紅線，對村鎮銀行、小額貸款公司等新型金融機構仍構成一個制約，因此有進一步放松的必要。
成本方面，可以通過開辦補貼、差別存款準備金、涉農業務稅收優惠等渠道來降低其經營成本。比如說，在當前的形勢下，存款準備金主要是用于對沖外匯占款增加而采取的貨幣政策工具，但農村金融機構或金融機構涉農業務很少成為外匯占款增加的來源，對他們實行差別準備金率不僅是一種優惠，而且理論上也有依據。對村鎮銀行來說，可以提出一定的備付金監管要求，而存款準備金則可以完全取消。再如，稅收方面，可以在建立更嚴格、更科學、更完整的涉農業務統計體系之后，將涉農業務的營業稅優惠全面推開，并固定下來，使機構在從事涉農業務時有穩定的預期，刺激其提供充分的服務。
大力發展草根金融機構是破解農村金融矛盾的有效途徑。村鎮銀行、資金互助社、資產管理公司、小額貸款公司等都是扎根于基層的草根金融，機制十分靈活，沒有農信社這類傳統機構的弊端。銀監會曾有一個“三年計劃”，即在2009年至2011年間在全國建立1294家新型農村金融機構，其中村鎮銀行的目標為1027家。從實際效果看，截至2011年底全國已組建新型農村金融機構786家，其中村鎮銀行726家，離原目標還有一定距離，因此政策和監管方面還要進一步放開，采取的措施應該更靈活。只有一大批面向農民的、真正的草根金融繁榮起來了，長期困擾我們的農村金融短板問題才能解決。