開設柜臺交易，必然涉及登記結算服務由誰承擔的問題。筆者的意見是，證券登記、存管和結算服務所必需的場所和設施不宜重復建設。
　　在目前的管理框架下，如果證券公司從中國證監會獲得的資格較為齊全，通常就會有針對下列業務的場所和設施：證券經紀，證券投資咨詢，與證券交易、證券投資活動有關的財務顧問，證券承銷與保薦，證券自營，證券資產管理，證券投資基金代銷，直接投資，融資融券，為期貨公司提供中間介紹等等。此外，證券業協會還授予證券公司代辦股份轉讓和股份報價轉讓業務資格。如果由證券公司為柜臺交易提供集中登記、存管與結算服務，就要有相應的場所和設施，需要一定的投入。而中國證券登記結算有限責任公司則有現成的場所和設施。一般說來，最大限度地獲得“全牌照”，是證券公司追求的目標，柜臺交易當不會例外。因此，沒有必要讓爭取開展柜臺交易業務的有近百家證券公司去重復建設。
　　提供證券登記結算服務，與經營證券業務截然不同。《證券法》第一百五十五條規定：“證券登記結算機構是為證券交易提供集中登記、存管與結算服務，不以營利為目的的法人。”而證券公司必然是以營利為目的。在《證券法》第一百二十五條規定的證券公司業務中，并無任何證券登記結算字樣，但第七項為“其他證券業務”。筆者認為，它應該包括證券投資基金代銷、直接投資、融資融券、為期貨公司提供中間介紹、代辦股份轉讓和股份報價轉讓等業務。
　　那么，“其他證券業務”是否能包括證券登記結算服務呢？《證券法》第一百五十八條規定：“證券登記結算采取全國集中統一的運營方式。”如果“其他證券業務”能夠包括證券登記結算服務，那么，情況就會發生很大變化。多數省（自治區、直轄市）有兩家或兩家以上證券公司，連轄區內集中統一運營都無法做到。如：獲準從事證券經紀業務的，廣東有22家證券公司，北京13家證券公司，上海有11家證券公司。證監會《證券登記結算管理辦法》第十九條規定：“投資者開立證券賬戶應當向證券登記結算機構提出申請。”如果全國近百家有證券經紀資格的證券公司都兼有證券登記結算機構的職能，將來，一些投資者可能會有近百張證券賬戶。證券賬戶的管理因此會復雜化，“集中統一的運營”更將成為一句空話。只有證券公司的“其他證券業務”不包括證券登記結算服務，才能符合“集中統一的運營”的規定。這也意味著，柜臺交易的證券登記結算服務依舊要由中國證券登記結算有限責任公司提供。目前，代辦股份轉讓系統（俗稱“老三板”）和股份報價轉讓系統（俗稱“新三板”）股票交易的登記、存管與結算服務，即由中國證券登記結算有限責任公司提供。
　　由中國證券登記結算有限責任公司為柜臺交易提供集中登記、存管與結算服務，便于證券市場的集中統一監管。根據《證券法》和《證券登記結算管理辦法》，如果證券公司就柜臺交易提供集中登記、存管與結算服務，其章程和業務規則也必然要經國務院證券監督管理機構批準。如果證券公司登記、存管與結算服務的業務規則如出一轍，那么，還不如由中國證監會發布后由證券公司執行；如果證券公司登記、存管與結算服務的業務規則各有特色，就不便于統一監管。而由中國證券登記結算有限責任公司為柜臺交易提供集中登記、存管與結算服務，就不會產生這方面的問題。
　　由中國證券登記結算有限責任公司為柜臺交易提供集中登記、存管與結算服務，還有利于掛牌證券的出質。《擔保法》第七十八條規定：“以依法可以轉讓的股票出質的，出質人與質權人應……向證券登記機構辦理出質登記。”就證券登記、存管與結算而言，作為獨立第三方的中國證券登記結算有限責任公司的公信力，必然高于集主辦券商與證券經營機構為一身的證券公司。這樣，包括非上市證券投資基金在內的掛牌證券的優勢，就更能體現出來。大部分金融機構不愿意接受非上市證券為擔保的現狀將會得到顯著的改變。
　　再說，《證券法》施行后，證券公司從事股份托管業務，已經不合法了。而《證券登記結算管理辦法》第四條規定：“證券登記結算業務采取全國集中統一的運營方式，由證券登記結算機構依法集中統一辦理。”證監會《關于未上市股份公司股票托管問題的意見》進一步提出：“證券經營機構不得從事未上市公司股份托管業務”。基于這樣的大背景，在相關法律條款和部門規章等未作修改前，顯然不宜采納證券公司為柜臺交易提供集中登記、存管與結算服務的建議。