結構性減稅將成為2012年積極財政政策的重心。證監會主席郭樹清多次表示，要努力推動資本市場的結構調整，顯著提高公司類債券融資在直接融資中的比重。市場發展、產品創新，需要制度建設和市場推動，這其中稅收是非常重要的變量。未來要大力發展債券市場，同樣需要稅收政策的鼎力支持。
對于債券投資的稅收政策，要分兩個維度來進行區分，一是按照券種來區分，二是通過投資者類型來區分。
從券種來看，明確享受免稅優惠的是國債利息收入，不論持有債券的是機構投資者，還是個人投資者都可免稅；而對于金融債券，如果為個人投資者持有，則對利息收入免征所得稅，公募基金持有此類債券等同樣免征所得稅；對于其他品種，如企業債、公司債等，其利息收入均需繳納所得稅。
從投資者結構來看，個人投資者（和公募基金）對非免除之外的債券交納20%的利息稅率，對于銀行等機構投資者來說，利息收入一般作為投資收益，進入機構投資者的損益表，成為稅前利潤的一部分，進行必要的納稅調整后，再繳納企業所得稅（目前稅率一般為25%）。同時，由于國內尚未開征資本利得稅，對于個人投資者（和公募基金）進行債券交易所獲的資本利得免稅，但是對于銀行等機構投資者來說，同樣作為投資收益進入損益表，需繳納企業所得稅。此外，銀行等機構投資者債券投資所獲得的利息和資本利得收入，均需繳納營業稅。
以上稅率未考慮財政部、國稅總局對某類金融機構提供的稅收優惠，如目前部分地區農信社等機構在所得稅、營業稅等方面可能享受稅收減免，其實際稅率可能相對低一些。
從債券定價來看，稅收因素對債券收益率有較大的影響。一般來說，以國債利率為基準利率，對于信用債券來說，其收益率應該在國債收益率之上加信用利差、流動性利差和稅收利差。以政策性金融債為例，由于具有政府隱性擔保，實際上其信用資質基本等同于國債，流動性也基本接近，其高于國債的利差更多反映的是稅收因素。
由于稅收對債券定價的明顯影響，在符合國家法律法規、產業和區域政策等前提下，針對某類債券或機構投資者推出相應的結構性免稅政策，有利于提升投資者的債券需求、降低發行人的融資成本、推動債券市場更快發展；也有利于提高資源配置效率，支持相應產業和地區的快速發展，推動國內經濟的結構化調整。
2008年下半年以來，為應對國際金融危機沖擊，國家出臺了一系列保增長、擴內需、調結構、惠民生的結構性減稅政策。債券市場作為國內企業直接融資的主要渠道之一，對企業籌集資金、促進經濟增長發揮了重要作用，是“金融服務實體經濟”的重要體現。未來，要大力發展債券市場，結構性減稅仍將發揮積極作用。
首先，對于中小企業債券的結構性減稅。支持中小企業融資是近年來中央關注的焦點和重點問題，如果能對中小企業發行債券實施一定的減稅政策，則將明顯提高此類債券的吸引力，使中小企業融資渠道更加順暢。
具體來看，對于已有相關券種，包括中小企業集合債、中小企業集合票據以及中小企業金融債等，可以考慮對其所得稅、營業稅進行部分或全額減免，從而推動此類債券市場的跨步發展；對于醞釀中的品種，如高收益債券，同樣可以通過稅收減免來提高其吸引力。
第二，對地方融資平臺債券的結構性減稅。地方融資平臺目前已經成為國內債券市場主流發行人之一，但由于市場對其信用資質的擔憂，中西部地級城投債的發行利率較高，一般被認為是國內準高收益債。事實上，大多數城投債融資的主要投向是城市基礎設施建設等公益性項目。2011年以來，城投債的發行大多為當地保障房項目進行融資，此類項目具有公益性或正外部性。地方政府融資平臺作為準市政債，公開融資并無任何稅收優惠，與美國等發達國家對市政債券免稅的做法有很大的差異。因此，為盡可能地用資本市場的力量來化解地方政府融資壓力，建議參考美國的建設美國債券模式（BABs，美國政府為此類債券利息收入提供35%的補貼），在未來的一段時間內，在地方政府融資平臺公開融資時給予一定的稅收政策支持。尤其是對于中西部省份一些財政收入來源相對較少的市縣級政府所發行的城投債，通過稅收減免有利于降低其融資成本，營造更為有利的融資環境，進而提供更為優質的公益性產品。
第三，對未來地方政府市政債券的結構性減稅。當前發行的中央代償的地方政府債均享受與國債相同的稅收待遇，即免征所得稅。隨著市場的發展，如果真正意義的市政債券實現發行，建議同樣借鑒國際經驗，免征所得稅或進行一定的稅收返還，以此推動市政債券的健康發展。
第四，對個人債券投資的結構性減稅。根據國務院的決定，自2008年10月9日起，對儲蓄存款利息所得（包括人民幣、外幣儲蓄利息所得）免征個人所得稅，然而個人持有企業債券所獲得的利息收入，仍然征收個人所得稅。這種“歧視性”政策，明顯不利于個人投資者參與債券投資，因此建議對于個人的債券投資利息收入，同樣可實施免稅。這樣一方面可以提高個人投資者（包括公募基金）參與債券市場的積極性，另一方面也有利于提高個人稅后所得，有助于促進國內消費的增長。