制度有根本性、全局性、穩定性和長期性，是防治“小金庫”最有效、最持久的手段。
　　在黨中央、國務院正確領導下，2009年開始的“小金庫”治理工作取得了重要階段性成效，不僅嚴肅查處了一大批“小金庫”違紀違規案件，依法追究了相關人員責任，還初步建立了防治“小金庫”長效機制，“小金庫”問題高發多發勢頭得到了明顯遏制。
　　在加強教育方面，各地區、各部門深入開展政策法規培訓，加強警示教育，提高各單位領導干部的認識和財經紀律意識。在完善制度方面，中央紀委監察部、財政部等制定或完善了78項制度，各地區各部門共制定和完善制度8327項。在深化改革方面，財政部發布了一系列文件，深化財政預算管理、國庫集中收付、國有資產管理等多個方面的改革。一些地區和部門推進行政事業單位國有資產統一管理改革，從源頭規范國有資產經營、配置和處置行為。在強化監督方面，中央紀委監察部會同有關部門明確了相關的黨紀政紀處分規定；財政部、審計署等五部委聯合發布《企業內部控制配套指引》，建立健全企業內部控制規范體系。
　　制度有根本性、全局性、穩定性和長期性，是防治“小金庫”最有效、最持久的手段。從源頭上防治“小金庫”必須強化制度建設，建立健全長效機制。今后一個時期，防治“小金庫”長效機制建設要深入貫徹中央的部署和要求，按照標本兼治、糾建并舉的原則，通過對“小金庫”問題的深入剖析、系統研究，查明誘因、找準癥結，積極推進體制改革、完善制度規定，采取切實有效措施逐步建立一套內容科學、程序嚴密、配套完備、有效管用的防治“小金庫”的制度體系，強化制度執行力，努力從根本上解決這一問題。加強制度建設，建立長效機制具體應從以下幾個方面著手：
　　一要建立和完善齊抓共管的責任機制。長效機制建設是一項復雜的系統工程和長期的工作任務，是各地區各部門的共同責任，需要各部門的共同參與和努力。無論是中央還是地方或部門，無論是機關還是社團或企業，都應積極主動推進這項工作。各地區各部門要從實際出發，統籌考慮、系統研究，逐步推進長效機制建設。要明確責任、加強指導，一級抓一級，層層抓落實。
　　二要建立和完善源頭治本的創新機制。加強體制機制和制度創新，不斷深化財政、金融、國有資產管理和社會組織管理等體制改革，積極尋求防治“小金庫”問題的新途徑；創新監督管理方式，特別注重運用現代信息手段，做到實時動態監控，切實提高監督管理效率。
　　三要建立和完善群眾參與的監督機制。要堅持集中治理與日常監管相結合，不僅把查處“小金庫”問題當作日常監管的重要工作內容，而且注重充分發揮群眾監督的作用。要堅持公開透明，積極推進政府財政預算、單位財務等政務、廠務公開制度建設，自覺接受各方面監督；要加大宣傳力度，不斷拓寬舉報渠道，認真受理和辦理群眾舉報案件；要建立健全有關資產財務管理的民主決策制度，防止權力失控、行為失范。
　　四要建立和完善糾建并舉的預防機制。要把嚴肅查處案件當作更直接、更有效的預防手段，針對重點領域、重點部門和重點單位，加大執法力度，嚴肅查處并公開曝光“小金庫”問題；認真抓好整改落實工作，確保已發現問題整改落實到位，并注重舉一反三，避免同類問題反復發生；必須不斷完善制度措施，把專項治理寓于各有關政策措施和制度規定中，全面梳理分析檢查發現的問題，剖析產生“小金庫”的制度根源，找準薄弱點和風險點，重點針對會議費、培訓費、咨詢費、勞務費和現金、賬戶、資產、非稅等容易產生問題的部位，盡快出臺或完善一批具體制度辦法，充分發揮制度建設的治本功效。