由工業(yè)化和城市化引發(fā)的新三農(nóng)問題的爭論，主要圍繞以下三個焦點：關(guān)于農(nóng)用地的流轉(zhuǎn)和規(guī)模經(jīng)營問題、關(guān)于農(nóng)村土地的非農(nóng)使用和農(nóng)民離鄉(xiāng)進城務(wù)工。在上述三個焦點問題中，唯有農(nóng)地的非農(nóng)使用，由于直接牽動著城市人、資本、農(nóng)民和政府幾方利益，成為爭論和利益沖突的焦點。
在農(nóng)地的非農(nóng)使用上，目前在實踐中出現(xiàn)了混亂景象。一方面，中央政府在政策上鼓勵和推動農(nóng)地的流轉(zhuǎn)，但推行最嚴格的耕地保護制度和土地用途管制的法令，由國家來壟斷非農(nóng)業(yè)用地的征收和規(guī)劃，并嚴格控制農(nóng)用地乃至非利用地的非農(nóng)使用，嚴格控制農(nóng)村集體建設(shè)用地特別是農(nóng)民宅基地的擴大，禁止以農(nóng)村土地建設(shè)“小產(chǎn)權(quán)房”和嚴格限制農(nóng)民宅基地的轉(zhuǎn)讓。同時，面對人們?nèi)找嬖鲩L的對政府壟斷農(nóng)村土地征用的壓力，既開始似乎接受但又不敢放開讓主體不是很明確、來源難以界定清楚的農(nóng)村部分集體建設(shè)用地進入流轉(zhuǎn)和流通。鑒于在集體土地上出售給城市居民的小產(chǎn)權(quán)房已積重難返，出于社會穩(wěn)定的考量，既一再三令五申堅決不容許再興建小產(chǎn)權(quán)房，又聲言要保護已購小產(chǎn)權(quán)房群眾的利益，這種自相矛盾和欲禁不能的政策信號，進一步激發(fā)了一波又一波搶建小產(chǎn)權(quán)房的熱潮。
另一方面，土地又是地方加速經(jīng)濟發(fā)展最重要的載體和生財之道。地方政府往往在“發(fā)展是硬道理”的推動下，巧立名目，破壞土地用途管制制度，擴大農(nóng)村土地的使用范圍，很多地方借農(nóng)民集體建設(shè)用地使用權(quán)流轉(zhuǎn)、土地整理折抵和城鄉(xiāng)建設(shè)用地增減掛鉤等名義，想方設(shè)法擅自擴大建設(shè)用地規(guī)模。在中央政府實行行政問責制后，利用法不責眾和國家在農(nóng)村基層執(zhí)法能力衰減的漏洞，土地違法行為的主體由省、市、縣政府，向鄉(xiāng)、鎮(zhèn)和村級組織蔓延。至于在經(jīng)濟發(fā)達和外來打工人員集聚的地區(qū)，農(nóng)民自己利用宅基地乃至承包農(nóng)地，根本不管有關(guān)規(guī)劃管制，興修多層商住兩用樓房，出租給經(jīng)商單位和外來務(wù)工人員，形成一種準貧民窟的城中村或城郊村，政府更是鞭長莫及。
面對在農(nóng)村土地問題上的這種種尾大不掉亂象，有人憂心忡忡，也有人不以為然。有人進而認為，土地管理上今天的眾多違法違規(guī)，就如改革開放初期的家庭承包一樣，當初也是非法的，但因為代表了改革的方向，最終成為主流。因此，他們認為小產(chǎn)權(quán)房本來就應當合法化，農(nóng)民的宅基地本來就應當可以自由轉(zhuǎn)讓，所有農(nóng)村土地就應該確權(quán)到戶，這樣農(nóng)民才能將中國最大的財富———土地資本化，鄉(xiāng)村干部才不能利用集體土地中飽私囊。學術(shù)界和輿論界的多元導向，顯然在中央和地方、城市和鄉(xiāng)村本來就復雜的多重利益博弈中進一步增添了發(fā)散的因素。
進一步看，農(nóng)村土地如何非農(nóng)使用，既直接影響農(nóng)民工移居城市的方式，也間接制約了農(nóng)地流轉(zhuǎn)和規(guī)模化經(jīng)營的步伐。現(xiàn)行的土地制度和管理辦法遭到普遍破壞和廣泛責疑，確實反映了它已經(jīng)漏洞百出。