據《中國經濟周刊》報道，2010年國家審計署國外貸援款項目審計服務中心出具的關于鐵道部2009會計年度的審計報告顯示，2009年末，鐵道部負債總額已達到13033.86億元。從2006年至今，鐵道部發行鐵路短期融資券、中期票據以及鐵路建設債券共計5627億元，目前已兌現的還不到1000億元。
　　盡管鐵道部官員曾向社會公開聲明，中國鐵路整體債務處于安全、合理、可控水平，高鐵發展不會導致債務危機，但是從現實看，形勢不容樂觀。民生銀行發布的《2010年中國交通運輸業發展報告》顯示，快速增長的債務融資規模使得鐵道部門在2009年支付的利息已達到400億元以上，未來可能超過1000億元。不僅如此，根據調整后的《中長期鐵路網規劃》，到2020年，全國鐵路營運里程將達到12萬公里以上，其中新建高速鐵路1.6萬公里。這1.6萬公里高鐵的建設資金，將有一半以上來自債務融資，從2014年開始，鐵道部將迎來還債高峰。
　　雖然現在鐵路建設資金的融資渠道很多，如銀行貸款、債券融資、鐵路建設基金、保險融資資金等，但是，隨著鐵路擴張性建設規模的急劇膨脹以及鐵道部負債率的陡然增大，融資已成為目前頗為棘手的難題。跨入新世紀后，為進一步加快鐵路建設效率和拓寬融資渠道，2005年7月，鐵道部出臺了《關于鼓勵支持和引導非公有制經濟參與鐵路建設經營的實施意見》；緊接著，2006年6月，鐵道部又推出《“十一五”鐵路投融資體制改革推進方案》。然而，雖然國家的公共政策頒布實施已四五年了，但投資多元化的市場融資模式，沒有任何形成的跡象，尤其是民營企業資本仍不敢向鐵道部伸出“橄欖枝”。
　　究其原因，一方面，民間資本沒有話語權。對于鐵路投資而言，鐵道部的資本動輒數千億元，民間投資頂多數十億，所占份額太少，進去以后參與決策權的機會幾乎沒有。另一方面，回報難以兌現。現行的鐵路財務核算模式，主要考量主行業盈虧，而非企業盈虧。可以想見的是，投資者連自己管轄的經營收入、成本和利潤都無法控制，利益分配混亂無序，民間資本的投資回報，同樣也不可能得到有效保障。更為重要的是，政企不分。鐵道部不僅掌控著經營決策，掌握著財務清算制度的命運，而且負責行業運行規則的制定和監督，這種高度合一的體制，必將導致政府與企業間的權責邊界不清，效率低下。如此一來，民間投資者難免對鐵道部的雙重身份，心存疑慮。
　　因此，要想規避鐵路債務危機，首要的任務是激活民間資本投資鐵路建設的熱情，鐵道部政企分開，惟有體制變革，不僅能讓民間資本在鐵路投資中擁有話語權，也能在一定程度上規避鐵路債務危機。