方舟子、方玄昌遭襲案10月2日由公安機關移送到檢察院審查起訴，10月5日由檢察院向法院提起公訴，而法院在10月10日就開庭審理。在任何熟悉中國司法程序和司法狀況的人看來，這樣的速度不可謂不“神速”，這不能不令人引發對案件是否能公正審理的擔心。方舟子、方玄昌遭襲案既是一個社會影響巨大的案件，同時也是定性爭議也頗大的案件，能這樣“神速”了事嗎？
　　目前公安機關、檢察機關都認為肖傳國涉嫌的是“尋釁滋事罪”，不過，早已有人認為，肖傳國雇兇毆打方舟子、方玄昌是蓄意傷害，并不符合“尋釁滋事罪”中“隨意毆打他人”的要件，而且被害人的傷僅為輕微傷，也不符合故意傷害罪的構成要件，應當根據“罪刑法定”的原則認定肖傳國無罪。而方舟子、方玄昌和律師彭劍均認為，肖傳國涉嫌的是“故意殺人未遂”。方舟子說，肖傳國花費10萬元巨款來雇兇，且經過長時間的跟蹤和踩點，嫌疑人作案時動用了辣椒水、管鋼和鐵錘，“分明是想致(置)人于死地”。
　　爭議還在于傷情鑒定，警方的鑒定結論是方舟子和方玄昌的傷情都是輕微傷。但是，方玄昌律師彭劍介紹，方玄昌頭部傷處可見顱骨，且傷及頭部主動脈，傷后頭部有不良反應。方玄昌認為自己介乎輕傷和重傷之間。
　　顯然，對于這樣一起案件，司法機關理應更慎重從事才對，應當給予被害人及其律師更多準備時間，保障他們的合法訴訟權利，聽取他們的意見，尊重他們提出的合理要求，才能既保證案件辦成鐵案，又能程序透明，讓各方信服。法院還對此案適用簡易程序，而事實上，根據最高法院的相關規定“有重大社會影響的”的案件不適用簡易程序。
　　據知情人透露，方舟子遇襲案發生后，社會反響強烈，被列入公安部督辦的案件，所以公安機關和司法機關特別重視此案，并利用節假日加班辦案。司法機關對于此案的高度重視當然值得贊賞，但是，每個案件有自身的特點，而訴訟也有其特定的規律，案件久拖不決固然必須譴責，但若違背訴訟規律過度“神速”也不值得提倡。