企業承擔的稅費負擔是不是很沉重，一直是財政稅務機關和學術界及企業爭論的話題。大多數財政稅務部門，包括一部分學者認為，中國企業的稅負并不沉重，許多企業偷稅逃費嚴重，需要加強稅費的征管。而企業界以及一部分學者認為，中國企業的稅費負擔太重，影響了企業和投資的積極性，影響了企業的經營，進而也影響了就業崗位的擴大。我認為，中國企業的稅費負擔水平，在世界都屬較高水平。
首先，我們從稅收的來源結構方面進行討論，稅收負擔主要集中在企業投資經營方面，是一種抑制和不鼓勵創業、投資和經營的稅制結構。
從稅收的對象看，可以對企業征稅，可以對勞動者征稅；可以對經營征稅，可以對財產征稅；可以對實物征稅，也可以對消費資源和環境的行為征稅。從中國稅收結構的設計看，主要征稅對象是企業，以及企業的投資經營活動。2007年，對企業所征的僅增值稅、消費稅、營業稅和所得稅四項為40229．04億，占到當年全國稅收總收入49451．8億元的81．35％。
與世界上大多數國家相比，房產和遺產等財產稅、土地礦產淡水等資源稅、排污行為稅、個人所得和勞動保障稅等稅種的比例過低。如遺產稅沒有開征，房產稅僅為575．4億，占全部總稅收的1．16％；而排污收入，比如對自來水征收的排污費，排放煙塵費等，可能沒有列入財政收入之中，有的可能沒有開征，但是，即使征了，比例也很低；2007年資源稅僅收了261億，為總稅收的0．053％；個人所得稅為3184．94億，也只占總稅收的6．44％。
這樣一種稅收結構，其作用的結果及其特征是：負擔主要集中在創業、投資和經營方面，是一種抑制和不鼓勵投資開辦企業的稅制；資源稅幾乎是象征性的，是一種鼓勵浪費性開采和使用能源、礦產和淡水等資源的稅制；對污染幾乎不征稅，或者征稅很輕，是一種鼓勵排放污染環境的稅制；幾乎不征房產稅和遺產稅，是一種鼓勵居民有錢不要創業、投資辦廠和經營，而去購買住宅，倒賣房子，或者出租房產進行食利的稅制，簡言之，辦企業不如倒房子。目前的這種稅制結構，與現代的鼓勵創業、增加就業、保護生態環境、節約利用資源、抑制食利階級產生和謀求共同富裕等現代理念是格格不入的。
其次，在各地區稅務部門的征稅行為中，實際上存在著沒有嚴格按照稅法征稅的情況，加重了中小企業的稅收負擔。主要有三個方面的問題：一是各地政府和稅務部門不論當年經濟發展情況如何，不論企業經營狀況好壞，不論企業是不是增多，實際上實行年財政收入和稅收總額硬性高速度增長的計劃指標和任務制度。比如，上年稅收和財政收入增長30％，本年做計劃時，不低于25％，實際收稅是按照年初制定的計劃去收，而不是按照實際中有多少稅源去收。二是許多地方不按照稅法對個體、微型和中小企業收稅，而是進行比實際稅率要高，甚至高得多的包稅進行收稅。
例如，一個中小企業，不按照增值稅率、營業稅率、所得稅率等規定征稅，而是按照總營業額的13％，或者更高比率進行征稅，加重了中小企業的稅收負擔。
三是更大的問題，各地方政府和稅務部門對征務人員進行超額完成稅收任務實行獎勵的制度，以刺激稅務人員收過頭稅，迫使企業今年將明年的稅收交上來，用貸款交稅，不顧企業經營狀況征稅，從而滿足稅務人員得到獎勵的私利。從我在各地調查的情況看，稅務部門和人員這種不規則的征稅行為，使大量的中小企業陷入經營困難甚至倒閉關門的境地。國家審計署審計到的，當然是規模較大的企業，2008年有13個省的62個縣級國稅局為完成稅收任務，違規向169戶企業提前征稅和多征稅款共23．4億元。
2006年筆者在某地實際調查中記錄過這樣一個案例：一國企職工1999年下崗失業后，當時地方政府鼓勵“自謀出路”，為了養家，他響應政府號召，籌資創業辦了個包裝廠，年產值200萬—300萬元，辛辛苦苦7年多了，至今投資都沒收回來。究其原因，一方面，市場競爭激烈，利潤微薄，另一方面，稅費很重，增值稅外還有個保底稅。舉例說：某月銷售是20萬，進項是18萬，差額是2萬，按增值稅交20000／1．17?．17＝2905．98元，但稅務部門規定不得少于銷售額的3％，也就是20萬?．03＝6000元．這就是保底稅。也就是說20萬的銷售必須有40000元的毛利。在企業的經營中怎能保證有不低于20％的毛利？我在調查時，原料漲價，產值虛高，利潤下降，但是稅務部門的保底稅也隨著增加，顯得非常不合理。這還是在沒有實行勞動合同新法之前的調查，并且沒有包括政府各部門和各行政性事業機構收取的其他費項。其實，這個中小企業，在稅務機構和人員這樣的征稅方式中，已經處于破產倒閉的邊緣。
《福布斯》計算稅負痛苦指數的方法，是根據各地公司稅率、個人所得稅、富人稅率、銷售稅與增值稅，以及戶主和員工的社會保障貢獻等6種稅項的最高稅率合計計算。《福布斯》公布的2009年稅負痛苦指數排名中，中國得分159。其中增值稅為17％，企業所得稅25％（兩稅統一以后），個人所得稅收45％，個人收入中的23％作為社保繳款，企業則配套上繳員工個人收入的49％作為社保基金繳款。與2008年相比，由于社保基金方面稅負的增加，中國的稅收痛苦指數上升了7點，排名從上年的第五名上升至第二名，僅次于法國。《福布斯》對中國稅負的測算中，沒有包括收費和罰款等項目，如果加入這方面的政府收入，實際中國內地稅負的痛苦指數可能會高居世界首位，是世界上創業、投資、經營稅費負擔最痛苦的區域。