2013年3月1日起，廈門市、區財政所屬全部11家公立醫院實施醫藥分開，所有藥品取消加成改革，公立醫院信息系統切換運行于3月1日零時開始。
　　據廈門市衛生局局長楊椒禹介紹，廈門公立醫院西藥加成以500元為界，單價500元以下的西藥加成不超過15%；單價超過500元的西藥最高加價50元。2011年7月廈門已經降低5%藥品加成率，目前現行的藥品加成率為：西藥、中成藥為10%；中藥飲片、中草藥為20%。這次徹底取消藥品加成，就是對全部公立醫院所有藥品全部實行零差率銷售，即按實際進價銷售。
　　廈門實施這項改革本著不增加群眾就醫負擔、不降低醫務人員收入的原則，對公立醫院因為取消藥品加成減少的收入，從三個方面彌補：財政承擔10%，廈門市財政局2013年為此安排相關經費預算1400萬元；公立醫院承擔8%，促進加強管理，壓縮開支、提高效率；另外82%通過提高診察費彌補，調整后診察費增支部分本市參保居民由醫保統籌基金支付。　
　　楊叔禹稱，在市場經濟條件下，藥品加成政策在一定程度上刺激醫療機構和醫生用藥動機，負面影響日益突出，增加了群眾的醫藥費用負擔，損害了醫務人員的職業道德和社會形象，成為看病貴的因素之一，廈門市為切斷醫院、醫生開方與藥品銷售收入之間的直接經濟利益聯系，減輕廣大患者藥品費用負擔實施這一改革，有助于合理用藥和提高公立醫院和醫生的社會形象。