不僅是三峽庫區魚類生態平衡遭受破壞，放眼整個長江流域，水生生物多樣性也正面臨嚴峻挑戰。曾幾何時，長江淡水生態系統在我國乃至世界都具有十分重要的地位和作用，水生生物多樣性具有巨大的經濟、社會、生態和科學價值，長江經濟水產品一直是我國淡水漁業的支柱，漁業產量占全國的60%以上。但是，隨著長江經濟帶的迅猛發展，不可避免導致了長江水生生物資源衰退、物種瀕危或消亡。

　　魚類捕撈量逐年下降

　　據不完全統計，長江中有魚類17目52科178屬370種，其中，特有魚類42種，重要經濟魚類36種。其他動物有白鰭豚、揚子鱷和大鯢等。在長江珍稀水生動物中，除鰣魚近年來未捕獲外，被列為國家一級或二級野生保護動物的中華鱘、白鱘、達氏鱘、白鰭豚、揚子鱷、江豚、胭脂魚、淞江鱸等均能生存繁衍，但種群數量呈逐年下降的趨勢。
　　受水域污染、過度捕撈和水利工程建設等因素的影響，長江瀕危物種增多，有20多種魚類被列入中國瀕危動物紅皮書；主要經濟魚類趨于低齡化和小型化；魚類種群數量減少，一些重要經濟魚類已經不能形成實際產量。
　　捕撈產量的下降是長江漁業嚴重衰退的一個直觀反映。統計表明，上世紀70年代，長江每年魚類的捕撈量為20余萬噸，而最近幾年的捕撈量下降到10萬噸左右，不足最高年份的1/4。捕撈機械化程度和技術的提高，使得捕撈能力極大增強，而捕撈量反而下降，故長江魚類捕撈量的下降是反映長江漁業資源下降的最直接指標。長江主要經濟水生物動物補充量急劇下降。長江“四大家魚”(青魚、草魚、鰱魚、鳙魚)，中華絨毛蟹和日本鰻等長江主導水生經濟動物，苗種發生量急劇下降，已不能形成魚汛。“四大家魚”魚苗曾經是水產養殖的惟一苗種來源，由1950年至1960年的300多億尾降為目前的不足10億尾，長江口的中華絨毛蟹和日本鰻已經不能形成明顯的苗汛。

　　水生生物種群數量不斷減少

　　同時，長江魚類群結構顯著變化，多樣性喪失。據了解，長江“四大家魚”在漁獲物中的比例已從上世紀60年代中期的20%-30%下降到目前的5%左右。長江下游江段有70多種淡水經濟魚類，近20年來，除河口區鳳鱭資源相對穩定外，鱸魚、銀魚、鯔魚及一些貝類生物都已大幅度減產，而中華絨毛蟹、刀鱭資源明顯下降。長江下游漁獲中，小型魚、蝦、蟹類占漁獲物總量的50%左右，群落結構小型化明顯。專家認為，魚類物種多樣性指數呈現出逐年減少的趨勢，表明物種多樣性正逐步喪失。
　　此外，分布在長江流域的水生生物，由于過度利用和環境不斷惡化，其物種數量大幅度下降，許多原來數量比較大的物種已大幅度下降，有的物種已經處于瀕危狀態，特別是水生動物的受威脅程度高。位列“長江三鮮”之首的長江鰣魚，上世紀60年代末至70年代末的10年間，年平均產量近50萬公斤，年產量最高可達160萬公斤，現在已基本絕跡。中華鱘、胭脂魚等已從重要的經濟魚類淪為瀕危物種。根據《中國瀕危動物紅皮書》統計，分布于長江水系的水生動物中，受威脅魚類比例18.25%(69種)、兩棲類47.59%(69種)、爬行類32.53%(54種)，在全國內陸水域受威脅比例最高。

　　過度開發、環境污染是禍根

　　專家認為，過度開發利用、水環境污染、棲息地退化或喪失等因素是影響長江流域水生生物特別是魚類多樣性的重要因素，這些因素或相牽連、或相互疊加，致使水生生物多樣性嚴重喪失。
　　過去和當前正在進行的水電開發使得長江流域水域生態環境發生重大變化，魚類原有的棲息地和產卵地喪失，魚類洄游受阻。據了解，到2005年，長江流域已建設水庫45000多座，已建和在建的水電站有2400多座。專家分析，水電開發的結果是水壩的上游由流水性的流動河流變成相對靜止的水庫，流水性魚類的生境大幅度減少，產卵場被水庫淹沒，生物群落由流水生態型向靜水生態型演變，大批在生活史中需要流水生態的水生生態失去了適宜的棲息環境。水壩和水庫，阻止了需要洄游的魚類成體和幼體的上下自由遷移。對于部分大型水利樞紐，在水壩的下游，由于水庫的運行調度，改變了壩下水文季節節律，影響了壩下游魚類的繁殖和生長，部分高壩泄水，導致氣體過飽和現象，會對壩下數百公里河流中魚類產生負面影響。
　　長江上游水電工程建設，將在一定程度上改變江湖的季節水位關系，一方面導致湖泊在魚類生長期的水面減小，另一方面導致在長江繁殖的魚苗無法進入湖泊生長繁育。按照已有水電建設規劃實施水電開發，對長江上游水生生物將產生深遠影響，流水性魚類，特別是眾多的長江上游的特有魚類將面臨滅絕的威脅。
　　此外，江湖阻隔和圍墾導致魚類棲息地大幅度喪失。據統計，近50年來長江全流域共減少水域面積12000平方公里，僅22個重要湖泊就減少湖容567億立方米。20世紀50年代，江漢湖群尚有湖泊1006個，湖面8300平方公里，因圍墾填湖現在已銳減到309個，湖面已不足2656平方公里，面積減少了68%。這極大減少了水生生物的棲息面積。同時導致洄游性魚類的洄游通道喪失，魚類等水生生物種類數明顯下降。
　　日益嚴峻的環境污染威脅長江流域魚類多樣性。改革開放以來，長江沿岸的化工、農業、城鎮得到快速發展，排污量隨之增大，長江水系受到不同程度污染。長江流域水資源量約占全國的36%，目前流域、排污總量約占全國的34%，盡管長江干流和部分湖泊的水質狀況良好，仍然適合水生生物的生長和繁衍，但是部分支流和多數湖泊，水質污染較嚴重，檢測到的污染物有40多種，特別是一些持久性污染物和重金屬超標，對長江魚類造成了嚴重損失和持久性影響。