三金藥業發行價格為19.8元，發行市盈率為33倍，這個價位正好處于三金藥業保薦機構招商證券給出的價格的中位。招商證券此前給出的參考價格是17至21元的估值區間。
    據分析，按19.8元的發行價計算，三金藥業總市值將達90億元，與同仁堂的90億元和東阿阿膠的96億元市值相當，也高于多數優質醫藥股。在已上市的百余只醫藥股中，總市值排名位居第13位。并且，三金發行價對應2009年動態市盈率也超過26倍，和現有二級市場同板塊的江中藥業、三精制藥、三九藥業等估值水平基本相當。
    針對投資者的疑問，招商證券投行總部董事總經理朱仙奮對發行價格的制定做了解釋。她表示，發行價格是基于三方面確定的。分別是：詢價機構的報價情況；行業內可比公司的價格；發行人對價格的預期。其中，行業內可比公司取了云南白藥、康緣藥業、江中藥業、東阿阿膠、三精制藥、哈藥股份6家公司，這些公司2008年市盈率平均為28倍。
     而桂林三金最終確定的發行價格19.8元，按照2008年度經審計的扣除非經常性損益前后孰低的凈利潤除以發行后總股本計算，市盈率為32.89倍；而本次發行前總股本計算，市盈率則為29.55倍。有投資者就此認為該市盈率水平明顯高于行業平均水平。對此，朱仙奮認為，同比上市公司云南白藥市盈率41倍和東阿阿膠市盈率31倍，該市盈率是合理的。 
    綜合各家券商在路演之后各自給出的桂林三金詢價區間可知，19.8元的發行價已接近所有報價的上限。如安信證券給出的詢價區間為12.96至14.4元，渤海證券給出15至18元的區間價格，國泰君安為14.8至17.8元，上海證券為14.61至16.69元。
    申銀萬國相關分析師坦稱，三金藥業最終確定的發行價偏高。根據申銀萬國發布的研究報告，其合理申購價應為14.14至15.37元。2008年3月公司陸續提高西瓜霜系列和三金片價格，2009年同比有價升驅動盈利增長，預計公司2009年至2011年全面攤薄EPS為0.77元、0.91元、1.07元，同比增長27%、19%、18%。參考同類OTC藥企2009年23-25倍動態市盈率，三金上市后合理價格為17.7-19.2元，新股申購給予20%折扣，合理申購價格14.14至15.37元。而中金公司發布報告估算，三金藥業上市后合理價格區間在19至21.3元，建議申購價17至19元。
    所不同的是，對于三金藥業19.8元的發行價，也有機構認為是合理的。根據長江證券發布研究報告，認為從該公司主營業務來看，西瓜霜系列和三金片系列兩大產品去年實現的收入就超過8億元，這在整個行業來看表現非常突出，盡管考慮到三金董事長年齡偏高等因素，但還是看好桂林三金，并認為承銷商招商證券給出的價格參考區間(17元至21元)比較合理。