如何償還巨債，對大多數高校不啻亡羊補牢。但僅僅是頭痛醫頭、腳痛醫腳，就債務問題談債務問題，而無視債務危機暴露出的諸多深層次問題，根本無益于高校發展。專家認為，國內部分高校的債務危機，從本質意義上看并不是錢的危機，而是辦學體制的危機，因此高校債務，不能一償了之。解決高校債務危機，必須回答三個方面的問題。

　　第一問：高校負債　到底應由誰買單？
　　對于這個問題，不同利益主體的回答截然不同。
　　作為負債主體的高校，自然希望國家財政包攬買單，理由是：我們是公辦高校，吃財政飯的，不可能像國有企業那樣宣告破產，學校負債就是政府負債，到時候還是國家財政替我們還債。
　　有關部門也堅持這種“國家財政買單”論調。全國政協今年建議發行千億元教育國債解決2500億元高校貸款。他們認為，從總體上看，高校憑借自身力量基本不可能在規定期限內償還本金，目前部分高校已存在嚴重的財務風險，有可能引發社會風險。
　　但更多的人堅決反對這種觀點。有學者坦言，如果此次中央政府出面買單，必將激勵各高校在今后做出更多非理性的決策與行為。而且，這種充滿“父愛主義”的慷慨與溺愛，從長遠看，只能讓習慣于在溺愛中成長的高校，繼續扮演劉阿斗的角色，而不可能真正長大。
　　網民們紛紛發帖認為：高校負債國家買單，是一種最簡單但也是最愚蠢的做法。填上這樣一個“黑洞”而不試圖在制度上有所改進，只是飲鴆止渴，是下一個黑洞與債務危機的起點。同時，高校負債國家買單，其實是讓全體納稅人替高校買單，這顯然面臨合法性危機，而且有損社會公平與正義。

　　第二問：高校債務資金去向是否經過了嚴格審計？
　　國家發改委社會發展司2007年8月在上半年社會事業發展情況和下半年政策建議中透露：據人民銀行統計，截至2005年底，高校貸款余額達2001億元，“個別高校由于債務問題已影響到學校正常運行”，這是官方第一次公布全國高校負債的整體數據。
　　全國2001億元，有的高校負債多達50億元，如此大的資金流量，在巨額債務形成過程中是否運轉透明、操作規范？其資金流向是否經過嚴格規范的審計，有多少錢是實實在在用于科研和教學，還有多少錢被浪費和揮霍掉？
　　事實不免令人遺憾，很多高校并未將借來的錢用在實處，而是用于“面子工程”、“形象工程”，滿足于一種政績與虛榮。據調查，全國不少高校新區建筑富麗堂皇，極盡奢侈，北京某著名大學食堂耗資百萬建觀光電梯，山東某大學校門耗資8000萬元(校方稱僅花300萬)，被網民稱為“高校最大、造價最高的大門”……針對此，有好事者還編了一份“中國高校大門排行榜”，將那些造價百萬元以上的“名門”排了座次。

　　第三問：高校辦學體制在償債過程中是否進行了反思？
　　眾多高校身陷債務泥潭，實際上是其辦學體制積弊的一次大爆發。專家認為，如果不認真反思和厘清高校辦學體制，債務危機還可能通過另外的方式在另外的時間內再次出現。
　　不少地區的地方政府把城市管理和市場運作等手段運用到高校管理，不惜投巨資開發“高校園區”、“大學城”，希望利用高等教育的發展拉動一個區域的經濟發展，甚至是拉動一座城市社會、科技、教育的綜合發展。于是“高等教育大眾化”、“毛入學率”、“萬人大學”就成了地方政府夸耀的政績。
　　高校作為科研教學機構，被行政化、官僚化，尤為有害。大學與政府的行政級別相套而分為副部級、地廳級等幾類，行政人員在高校掌握了學術資源分配權力，一躍成為高校的核心群體，而真正從事科研和教學的教授卻被行政權力邊緣化。一位專家說：“每個教授削尖腦袋想當處長，這是高校的悲哀。”