新醫改方案公布后四個月，國家基本藥物制度正式啟動。真正拉開了中國新醫改的序曲。
要保證基本藥物制度能真正造福人民，制度框架僅僅是舞臺；要使醫療體系走出看病貴和壟斷低效等局面，一方面需要不斷機制創新，另一方面需要加強細節的修繕和基層的執行力。
基本藥物制度的推進仍然存在各種障礙。《實施意見》中很重要的一點就是，實施基本藥物制度涉及到對基層醫療機構的資金補貼問題，以及公立醫院改革配套等問題的牽制。
地方政府財力有限，各級政府的醫療衛生支出方向依然以公立醫院為主。當下，應該改變各級政府醫療衛生支出的方向———向基本公共醫療體系傾斜以全面推進基本藥物制度改革。同時，政府可以通過適度放開醫院等醫療機構的醫療技術服務價格，彌補其因制度改革增加的開支。
由于基本藥物制度采取了目錄制度，節約了不必要的營銷費用，解決了以藥補醫問題。然而，究竟如何對所要采購的基本藥物進行定價，統一招標和配送，怎樣防止各省基于藥物地方保護主義，或者地區壟斷問題？畢竟，一旦出現地方保護主義和地區壟斷，很容易使整個醫療體制改革的利益糾葛更加復雜，難度更大。在統一招標和配送模式下，政府相關部門的權力更大了，尋租機會更多了，醫藥企業可能將突破口從醫院，轉變到國家基本藥物采購委員會和各省的醫藥物流企業，對此，有關部門和民眾宜多加關注。
醫療機構在實際執行中，是否會按照基本藥物制度的規定用藥，也是應該關注的問題。對于他們來講，使用國家規定的基本藥物由于無法自由定價，利潤較薄；而使用具有同樣療效的目錄外藥物，則有很大的利潤空間。因此，以經濟人的理性立場分析，醫院更愿意使用目錄外藥品；而即便國家通過財政補貼激勵醫院使用目錄藥，但很可能由于財政補貼返還不到位、領取繁瑣等原因，加上目錄外藥物的利潤，使醫療機構有突破規定的沖動。而且，作為專業的醫療機構，很多時候可以利用專業所帶來的信息不對稱，規避國家基本藥物制度的強制性。
總之，國家基本藥物制度的啟動確實是一個利國利民的好事，但魔鬼在細節中，要真正使居民獲得醫改帶來的好處，關鍵還是要在制度的機制設計、執行環節以及配套體制改革上綜合推進。
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