缺乏內在動力
同時，國開行的改制在內部管理上也遇到一定的阻力。
“不是我們不想改，是牽扯的人員、部門、成本和精力實在巨大。”前述國開行高管如此表示。
陳元在《政府與市場之間》回憶到，自己上任的1998年正值國開行與中國投資銀行重組融合，讓原本只有武漢一家分行和深圳、成都與西安3個代表處的國開行，從此構建起了29個省市的境內一級分行布局，基本形成了覆蓋全國的總分行兩級管理體制并沿用至今。
但近兩年，國開行屢次因光伏、風電、鋼鐵等行業和企業的信貸危機而身陷資金泥潭，表露出各地分行在信貸審批上過多的自主性和風險難控。
國開行評審二局一位人士搖著頭表示“總行管不了，也沒手段管”。因為，總行只負責行業龍頭企業和高成長性的戰略型客戶，多屬于開拓性工作。至于分行是否過分追逐短期利益，是否與地方政府長期協議，總行往往不得而知。
通常，商業銀行多采用矩陣式管理，即總行不僅需要對分行進行直線管理，還需通過總行的個人金融部、企業金融部等具體部門來管理分行的對應部門，雙管齊下地統籌分行各項業務。信貸業務上，更是采取前臺和后臺共同評審的模式，以免出現權責不清、監管不嚴而導致分支行人員徇私舞弊、攜款潛逃的混亂局面。
“民生銀行眼下就采用更為有效率的事業部管理制，由總行對分行各部門一管到底，分行只需負責具體營銷即可。”銀行業專家表示。
但國開行仍一直沿用著傳統管理模式，每年給予分行相應的信貸額度并充分授權。究其原因，就在于其信貸業務相對簡單，客戶量少但個體資金需求量大，行內管理鏈條短且權責較為分明。
截至目前，國開行總資產量接近7萬億元，按照工商銀行目前十幾萬億元資產規模對應30萬員工來計算，國開行的員工數量至少應接近10萬人，但眼下卻僅有7000多名員工，可見其業務模式的簡單和直接。
此外，由于國開行僅有5000多家客戶且其中包含了大部分信譽良好的央企，平均一家分行至多擁有100多家客戶，一家客戶至多能得到100億元信貸，對于通常只有幾十名到上百名員工的分行來說，梳理客戶關系并實時跟進項目都并非難事，因而行里遲遲未有改進其老舊管理模式的動作。
然而，分行權力過大，勢必會增加信貸的風險成本，決策權則過多依賴于分行領導的個人素養和判斷力。
“這種管理模式目前還差強人意，但未來很可能制約其發展。”上述銀行業專家指出，“近來對新能源的投資沖動就已經讓他們嘗到了一絲苦澀。”
然而，“大象翻身”勢必傷筋動骨，總行與分行的多年“血脈關系”勢必從頭厘清，短期內徹底改革實屬不易。
“要削弱分行權力，那勢必是一場惡戰。不但在分行阻力重重，就連總行的態度也難以積極，畢竟改變整個組織架構以迎合風險管控，在眼下風險暴露并不明顯之時，大家都很難有動力。”前述評審二局人士認為。
而真正束縛國開行“變法”的內部源頭，恐怕還是政策性銀行角色下難以改變的員工激勵機制，還是做多做少都“無懲無獎”的薪金體系，讓從上至下都缺乏對風險和利潤的敏感度，缺乏“變則通”的原始動力。