不僅是三峽庫(kù)區(qū)魚類生態(tài)平衡遭受破壞，放眼整個(gè)長(zhǎng)江流域，水生生物多樣性也正面臨嚴(yán)峻挑戰(zhàn)。曾幾何時(shí)，長(zhǎng)江淡水生態(tài)系統(tǒng)在我國(guó)乃至世界都具有十分重要的地位和作用，水生生物多樣性具有巨大的經(jīng)濟(jì)、社會(huì)、生態(tài)和科學(xué)價(jià)值，長(zhǎng)江經(jīng)濟(jì)水產(chǎn)品一直是我國(guó)淡水漁業(yè)的支柱，漁業(yè)產(chǎn)量占全國(guó)的60%以上。但是，隨著長(zhǎng)江經(jīng)濟(jì)帶的迅猛發(fā)展，不可避免導(dǎo)致了長(zhǎng)江水生生物資源衰退、物種瀕危或消亡。

　　魚類捕撈量逐年下降

　　據(jù)不完全統(tǒng)計(jì)，長(zhǎng)江中有魚類17目52科178屬370種，其中，特有魚類42種，重要經(jīng)濟(jì)魚類36種。其他動(dòng)物有白鰭豚、揚(yáng)子鱷和大鯢等。在長(zhǎng)江珍稀水生動(dòng)物中，除鰣魚近年來(lái)未捕獲外，被列為國(guó)家一級(jí)或二級(jí)野生保護(hù)動(dòng)物的中華鱘、白鱘、達(dá)氏鱘、白鰭豚、揚(yáng)子鱷、江豚、胭脂魚、淞江鱸等均能生存繁衍，但種群數(shù)量呈逐年下降的趨勢(shì)。
　　受水域污染、過(guò)度捕撈和水利工程建設(shè)等因素的影響，長(zhǎng)江瀕危物種增多，有20多種魚類被列入中國(guó)瀕危動(dòng)物紅皮書；主要經(jīng)濟(jì)魚類趨于低齡化和小型化；魚類種群數(shù)量減少，一些重要經(jīng)濟(jì)魚類已經(jīng)不能形成實(shí)際產(chǎn)量。
　　捕撈產(chǎn)量的下降是長(zhǎng)江漁業(yè)嚴(yán)重衰退的一個(gè)直觀反映。統(tǒng)計(jì)表明，上世紀(jì)70年代，長(zhǎng)江每年魚類的捕撈量為20余萬(wàn)噸，而最近幾年的捕撈量下降到10萬(wàn)噸左右，不足最高年份的1/4。捕撈機(jī)械化程度和技術(shù)的提高，使得捕撈能力極大增強(qiáng)，而捕撈量反而下降，故長(zhǎng)江魚類捕撈量的下降是反映長(zhǎng)江漁業(yè)資源下降的最直接指標(biāo)。長(zhǎng)江主要經(jīng)濟(jì)水生物動(dòng)物補(bǔ)充量急劇下降。長(zhǎng)江“四大家魚”(青魚、草魚、鰱魚、鳙魚)，中華絨毛蟹和日本鰻等長(zhǎng)江主導(dǎo)水生經(jīng)濟(jì)動(dòng)物，苗種發(fā)生量急劇下降，已不能形成魚汛。“四大家魚”魚苗曾經(jīng)是水產(chǎn)養(yǎng)殖的惟一苗種來(lái)源，由1950年至1960年的300多億尾降為目前的不足10億尾，長(zhǎng)江口的中華絨毛蟹和日本鰻已經(jīng)不能形成明顯的苗汛。

　　水生生物種群數(shù)量不斷減少

　　同時(shí)，長(zhǎng)江魚類群結(jié)構(gòu)顯著變化，多樣性喪失。據(jù)了解，長(zhǎng)江“四大家魚”在漁獲物中的比例已從上世紀(jì)60年代中期的20%-30%下降到目前的5%左右。長(zhǎng)江下游江段有70多種淡水經(jīng)濟(jì)魚類，近20年來(lái)，除河口區(qū)鳳鱭資源相對(duì)穩(wěn)定外，鱸魚、銀魚、鯔魚及一些貝類生物都已大幅度減產(chǎn)，而中華絨毛蟹、刀鱭資源明顯下降。長(zhǎng)江下游漁獲中，小型魚、蝦、蟹類占漁獲物總量的50%左右，群落結(jié)構(gòu)小型化明顯。專家認(rèn)為，魚類物種多樣性指數(shù)呈現(xiàn)出逐年減少的趨勢(shì)，表明物種多樣性正逐步喪失。
　　此外，分布在長(zhǎng)江流域的水生生物，由于過(guò)度利用和環(huán)境不斷惡化，其物種數(shù)量大幅度下降，許多原來(lái)數(shù)量比較大的物種已大幅度下降，有的物種已經(jīng)處于瀕危狀態(tài)，特別是水生動(dòng)物的受威脅程度高。位列“長(zhǎng)江三鮮”之首的長(zhǎng)江鰣魚，上世紀(jì)60年代末至70年代末的10年間，年平均產(chǎn)量近50萬(wàn)公斤，年產(chǎn)量最高可達(dá)160萬(wàn)公斤，現(xiàn)在已基本絕跡。中華鱘、胭脂魚等已從重要的經(jīng)濟(jì)魚類淪為瀕危物種。根據(jù)《中國(guó)瀕危動(dòng)物紅皮書》統(tǒng)計(jì)，分布于長(zhǎng)江水系的水生動(dòng)物中，受威脅魚類比例18.25%(69種)、兩棲類47.59%(69種)、爬行類32.53%(54種)，在全國(guó)內(nèi)陸水域受威脅比例最高。

　　過(guò)度開發(fā)、環(huán)境污染是禍根

　　專家認(rèn)為，過(guò)度開發(fā)利用、水環(huán)境污染、棲息地退化或喪失等因素是影響長(zhǎng)江流域水生生物特別是魚類多樣性的重要因素，這些因素或相牽連、或相互疊加，致使水生生物多樣性嚴(yán)重喪失。
　　過(guò)去和當(dāng)前正在進(jìn)行的水電開發(fā)使得長(zhǎng)江流域水域生態(tài)環(huán)境發(fā)生重大變化，魚類原有的棲息地和產(chǎn)卵地喪失，魚類洄游受阻。據(jù)了解，到2005年，長(zhǎng)江流域已建設(shè)水庫(kù)45000多座，已建和在建的水電站有2400多座。專家分析，水電開發(fā)的結(jié)果是水壩的上游由流水性的流動(dòng)河流變成相對(duì)靜止的水庫(kù)，流水性魚類的生境大幅度減少，產(chǎn)卵場(chǎng)被水庫(kù)淹沒，生物群落由流水生態(tài)型向靜水生態(tài)型演變，大批在生活史中需要流水生態(tài)的水生生態(tài)失去了適宜的棲息環(huán)境。水壩和水庫(kù)，阻止了需要洄游的魚類成體和幼體的上下自由遷移。對(duì)于部分大型水利樞紐，在水壩的下游，由于水庫(kù)的運(yùn)行調(diào)度，改變了壩下水文季節(jié)節(jié)律，影響了壩下游魚類的繁殖和生長(zhǎng)，部分高壩泄水，導(dǎo)致氣體過(guò)飽和現(xiàn)象，會(huì)對(duì)壩下數(shù)百公里河流中魚類產(chǎn)生負(fù)面影響。
　　長(zhǎng)江上游水電工程建設(shè)，將在一定程度上改變江湖的季節(jié)水位關(guān)系，一方面導(dǎo)致湖泊在魚類生長(zhǎng)期的水面減小，另一方面導(dǎo)致在長(zhǎng)江繁殖的魚苗無(wú)法進(jìn)入湖泊生長(zhǎng)繁育。按照已有水電建設(shè)規(guī)劃實(shí)施水電開發(fā)，對(duì)長(zhǎng)江上游水生生物將產(chǎn)生深遠(yuǎn)影響，流水性魚類，特別是眾多的長(zhǎng)江上游的特有魚類將面臨滅絕的威脅。
　　此外，江湖阻隔和圍墾導(dǎo)致魚類棲息地大幅度喪失。據(jù)統(tǒng)計(jì)，近50年來(lái)長(zhǎng)江全流域共減少水域面積12000平方公里，僅22個(gè)重要湖泊就減少湖容567億立方米。20世紀(jì)50年代，江漢湖群尚有湖泊1006個(gè)，湖面8300平方公里，因圍墾填湖現(xiàn)在已銳減到309個(gè)，湖面已不足2656平方公里，面積減少了68%。這極大減少了水生生物的棲息面積。同時(shí)導(dǎo)致洄游性魚類的洄游通道喪失，魚類等水生生物種類數(shù)明顯下降。
　　日益嚴(yán)峻的環(huán)境污染威脅長(zhǎng)江流域魚類多樣性。改革開放以來(lái)，長(zhǎng)江沿岸的化工、農(nóng)業(yè)、城鎮(zhèn)得到快速發(fā)展，排污量隨之增大，長(zhǎng)江水系受到不同程度污染。長(zhǎng)江流域水資源量約占全國(guó)的36%，目前流域、排污總量約占全國(guó)的34%，盡管長(zhǎng)江干流和部分湖泊的水質(zhì)狀況良好，仍然適合水生生物的生長(zhǎng)和繁衍，但是部分支流和多數(shù)湖泊，水質(zhì)污染較嚴(yán)重，檢測(cè)到的污染物有40多種，特別是一些持久性污染物和重金屬超標(biāo)，對(duì)長(zhǎng)江魚類造成了嚴(yán)重?fù)p失和持久性影響。