只為收購后合并報表做大規模，飛鶴乳業在兩起收購中均承諾被收購方保持獨立運營，最終導致控股子公司疏于管理而屢上“黑榜”。
　　針對國家食藥監總局抽檢的6批次不合格羊奶粉，飛鶴乳業6月24日稱，內部排查并確認，設備清洗劑在生產清洗環節因操作失誤，致使產品硝酸鹽指標不合格。因供應商所供原材料中復合營養強化劑硒含量不穩定的原因，導致出現產品的硒含量不合格。
　　“嬰幼兒配方奶粉是監管的重點，也是要求企業按照藥品的生產來進行管理。無論原料的進貨渠道，還是最終產品，國家食藥監局都要求批批檢驗合格后才能出廠。這次飛鶴乳業旗下嬰幼兒配方奶粉被抽檢出現問題，這充分說明了關山乳業質量控制體系出現嚴重紕漏，而不是簡單的操作失誤造成的。”消息人士向《經濟參考報》記者透露，因此食藥總局要求關山乳業整個公司停產整改，而不是單純的羊奶粉生產線。
　　去年2月，飛鶴乳業3億元收購關山乳業70%股權，但飛鶴乳業承諾關山乳業保持獨立運營。
　　6月23日，國家食品藥品監管總局在今年第二階段嬰幼兒配方乳粉專項監督抽檢中，共檢出7批次嬰幼兒配方羊奶粉不合格，其中飛鶴乳業控股的關山乳業有限責任公司共有6批次問題乳粉上榜。據了解，涉及本次抽檢不合格的6批羊奶粉產品共4180件。《經濟參考報》記者發現，在抽檢的奶粉中出現的問題是，硝酸鹽不符合食品安全國家標準規定限量，檢出值全部超標；而硒含量不符合食品安全國家標準，檢出值全部低于國家標準值。
　　關山乳業也并非飛鶴旗下第一個登上國家相關部門黑榜的公司。5月，飛鶴乳業旗下另一家子公司吉林艾培特，在接受國家監督抽檢中被檢測出部分產品外包裝的氯營養素指標印刷錯誤。2014年1月，飛鶴出資收購吉林艾培特乳業，同樣也是保持其獨立運營。