在停牌近三個月后，華潤三九日前發布公告稱，決定終止籌劃本次重大資產重組事宜，令市場措手不及。19日，復牌后的華潤三九跌停，收報于26.41元/股。當天，華潤三九成交量高達36.59萬手，換手率達10.30%。
　　WIND統計數據顯示，截至今年2季度末，共有16家基金公司旗下21只基金重倉持有了華潤三九，持股總數為1.05億股，占流通股比例達到了29.45%，持股總市值為28.15億元。照此計算，僅8月19日的一個跌停板，上述21只基金就浮虧了3.07億元。
　　對于此次終止重大資產重組的原因，華潤三九在公告中解釋稱，經過調查和論證，“由于行業、政策和市場等發生變化的影響超出籌劃重組時各方預期，導致擬收購資產的盈利前景存在較大不確定性�！惫�司在綜合考慮收購成本、收購風險等因素的基礎上，決定終止籌劃本次重大資產重組事宜。
　　6月3日，華潤三九發布公告稱，華潤醫藥集團有限公司正在籌劃公司重大資產重組事項。稍后，記者從多方渠道證實，華潤三九此次并購的對象是避孕藥“毓婷”的生產企業北京紫竹藥業有限公司(簡稱“紫竹藥業”)。隨后，華潤三九在重大資產重組進程公告中披露，交易對方為華潤醫藥控股有限公司的全資子公司華潤醫藥投資有限公司及其控股的北京醫藥集團有限責任公司。2012年11月份，上海聯合產權交易所刊發一則項目掛牌公告，標的為北京紫竹藥業有限公司42.28%股權，掛牌價格為15.48億元。彼時，北京醫藥集團有限責任公司持有紫竹藥業47.28%股權，中國信達資產管理股份有限公司則持有42.28%股權。
　　究竟是什么原因導致華潤三九并購紫竹藥業落空？華潤三九行政總監郭欣19日接受《經濟參考報》記者采訪時說，主要是行業、政策和市場的原因，與公司自身生產經營狀況沒有關系�！安⒎侨A潤三九公司業績不好，促使重組計劃落空�！彼�說。
　　“不知道，不清楚�！北本┳现袼帢I有限公司政府事務總監任輝19日如是回答《經濟參考報》記者提問。華潤醫藥集團內部人士也表示不清楚其中原因�！安①彿奖緛砭秃軓妱�，并購不成功可能是紫竹藥業提出了一些要求�！北贝罂v橫管理咨詢集團醫藥行業中心總經理史立臣告訴《經濟參考報》記者，除文化融合磨合難原因外，紫竹藥業非常強勢，全部整合至華潤三九很難也是重要原因。
　　“盡管有華潤集團這棵大樹支持，但華潤三九的非處方藥業務并不比紫竹藥業強勢�！笔妨⒊颊f，兩家旗鼓相當、勢均力敵，需要全部整合到華潤三九的非處方藥平臺上很難。公開資料顯示，截至2012年6月30日，紫竹藥業實現營業收入4.14億元，凈利潤1.10億元，凈資產評估值為36.61億元，比賬面價值(8.22億元)增值3.45倍。紫竹藥業是以非處方藥為主的企業。
　　“紫竹藥業資產進入華潤三九，需要對優勢資產評估，不具備優勢的資產要剝離�！笔妨⒊贾赋觯�這些操作背后涉及很多經濟利益、人事糾紛等內部問題，運作起來非常復雜。
　　作為兩融的標的之一，WIND數據顯示，華潤三九的融資余額自今年5月底以來持續減少，由5月29日的1.45億元下降至8月16日的7079萬元，減少了一半以上；融券余額目前則為1239萬元。業內人士看來，由于是兩融標的，華潤三九有做空動能被放大的可能性。