中國社科院金融研究所16日發布的《中國支付清算發展報告(2013)》稱，當前人民銀行支付清算體系建設中存在制度性問題，支付系統條塊分割、碎片化，會計核算系統眾多，對商業銀行的資金利用效率和人民銀行的流動性監測造成負面影響。
　　中國社科院金融研究所支付清算研究中心主任楊濤說，人民銀行在全國各地縣級及其以上地區都設有分支機構，全國性商業銀行也根據行政區劃設立了為數眾多的分支機構。為了辦理跨行資金清算等業務，商業銀行的分支機構多在當地的央行分支機構開設準備金賬戶。由此，清算支付系統的眾多賬戶數據分屬在央行的不同會計核算系統中，有的屬于支付系統清算賬戶，有的屬于央行會計核算系統內部賬戶。商業銀行的不同分支機構開設的賬戶之間相互獨立，很難根據清算的需要而相互間調動資金，這就會造成在同一商業銀行中，有的支行賬戶清算資金短缺，而有的支行賬戶清算資金閑置，由此降低資金利用效率。人民銀行亦可能無法及時獲取所有銀行機構的流動性情況，從而對央行的監督能力構成影響，也隱含了支付系統流動性風險。