環保部、國家發改委、財政部2日聯合發文，要求對于國家重點生態功能區，要健全生態環境保護責任追究制度，加大懲罰力度。對于未按重點生態功能區環境保護和管理要求執行的地區和建設單位，上級有關部門要暫停審批新建項目可行性研究報告或規劃，適當扣減國家重點生態功能區轉移支付等資金，環境保護部門暫停評審或審批其規劃或新建項目環境影響評價文件。對生態環境造成嚴重后果的，除責令其修復和損害賠償外，將依法追究相關責任人的責任。
　　國家發改委國土開發與地區經濟研究所所長肖金成3日接受《經濟參考報》記者采訪時表示，國家重點生態功能區違規開礦、小水電、工業占地等行為時有發生，有的地方政府對這些行為“睜一只眼、閉一只眼”。他建議，有的縣區里既有山地、濕地等生態脆弱區，又有平原等資源環境承載力強地區，規劃不能“一刀切”，應該進一步細化，做到欠發達地區的經濟發展和生態保護的平衡。
　　環保部資料顯示，2012年，全國共有國家重點生態功能區452個縣域接受了生態環境質量考核。官方數據顯示，中國共有2862個縣(區、市)。
　　環保部環境監測司錢震等表示，在國家重點生態功能區縣域生態環境質量考核中發現，少數縣級政府在考核工作的組織、數據填報的質量上存在問題。
　　這份《關于加強國家重點生態功能區環境保護和管理的意見》強調，要依托資源環境承載能力相對較強的城鎮，引導城鎮建設與工業開發集中布局、點狀開發，禁止成片蔓延式開發擴張。要嚴格開發區管理，原則上不再新建各類開發區和擴大現有工業開發區的面積，已有的工業開發區要逐步改造成低消耗、可循環、少排放、“零污染”的生態型工業區。國家發展改革委要組織地方發展改革委進一步明確國家重點生態功能區的開發強度等約束性指標。
　　該意見提出，對于不適合主體功能定位的現有產業，相關經濟綜合管理部門要通過設備折舊、設備貸款、土地置換等手段，促進產業梯度轉移或淘汰。