城市資本下鄉對于解決農業和農村經濟發展“貧血癥”，破解城鄉二元問題具有積極意義。但部分專家也建議，應關注大規模的資本下鄉所帶來的“非糧化”傾向和“用地難”等問題。
　　西南政法大學副校長劉俊指出，資本具有天然的逐利沖動，在當前農村種糧普遍不賺錢的背景下，城市資本進農村一般不會投到糧食生產領域，而是選擇產出效益更好的項目，如花卉苗木、水果種植、特色養殖、鄉村旅游等。隨著城市資本下鄉規模的不斷擴大，這種“非糧化”傾向很有可能影響糧食安全。
　　劉俊的判斷不無道理。《經濟參考報》記者梳理了重慶10個城市資源下鄉示范項目發現，這10個項目無一涉足糧食生產，重慶市農投集團乳業產業化項目等6家企業以畜牧業養殖和加工為核心，金科現代農業園等3家企業以花卉苗木種植、旅游觀光為主，另外一家是重慶美心集團，以制造業、旅游開發為主。
　　劉俊強調，雖然目前國內不少地方的城市資本下鄉給農村注入了活力，提高了農民收入，一定程度上解決了農村剩余勞動力就業和土地撂荒等問題，但如不從根本上解決農民種糧不賺錢的基礎性問題，城市資本下鄉帶來的這些成果不能持久。
　　除此之外，不少城市資本下鄉企業負責人和基層干部也表示，城市資本下鄉面臨著一個重要難題——“用地難”，特別是城市資本對農村建設用地的需求與現行農村集體建設用地管理體制存在較大沖突。
　　在九龍坡區的千秋村，作為城市投資業主的重慶慶業愛農生態農業有限公司在做好土地及產業規劃的基礎上，對該村的耕地和村落進行了整理，比原來多出了700多畝耕地，新騰出370畝集體建設用地。愛農公司負責人趙宜盛告訴記者，按照千秋村的產業規劃，節約出的370畝集體建設用地將作為示范農業和休閑農業的建設用地，進行開發利用。但按照現行的《土地管理法》，農民集體所有的土地的使用權不得出讓、轉讓或者出租用于非農業建設，所以要獲得這些建設用地，必須走“先征收，再出讓”的老路。
　　愛農公司面臨的土地問題同樣也出現在涪陵區藺市鎮美心示范項目中，不過美心公司迫于自身發展需要，只能選擇走先征收再“招拍掛”購買國有土地的方式，以工業用地13萬元一畝，經營性用地52萬元一畝的高價獲得了發展所需的建設用地。
　　而永川區黃瓜山統籌城鄉示范區管委會相關負責人告訴記者，不少城市資本到該示范區投資所需要修建的房屋建筑，都是打著“農村集體組織自身所需”這樣的由頭修建起來的。這些建筑既無產權，也沒法買賣，稍有一些風險意識的老板都不愿意這么做。
　　針對這些問題，重慶市發改委副主任徐強表示，城市資本下鄉遭遇“用地難”困境，反映出目前市場機制和要素市場向農村延伸的幅度還很不夠。在目前的市場經濟體制下，城市資本下鄉后，對農村集體建設用地使用權流轉的內在需求已經普遍存在，事實上國家也明確提出了逐步建立城鄉統一的建設用地市場，為農民集體建設用地進入市場，合法流轉，以土地權益分享工業化、城市化成果提供通道。所以，對農村集體建設用地的合法流轉進行更深層次探索，會更好促進城市資本下鄉。
　　徐強說，不光是土地，包括資金、勞動力、技術在內的其他要素目前在城鄉之間流動也還存在諸多體制性壁壘。所以，要進一步推動以工促農、以城帶鄉，就必須要把土地、資金、勞動力和技術等要素通過市場機制的作用，讓其在城鄉之間合理自由流動，最終推動城鄉相同要素的同質化，市場一體化。對此，可從以下幾個方向著力：一是科學編制發展規劃，合理布局發展空間。二是研究制定扶持政策，營造平等發展環境。三是明晰要素權屬關系，努力破除體制障礙。四是加快農村管理體制調整，創新要素組織形式。此外，要建立風險防范機制，實現城鄉互利共贏。