《經濟參考報》記者在采訪中發現，公租房租金處于一個“高不成低不就”的尷尬境地：雖然“略低于市場價格”，但仍高于不少住房困難人群的預期，影響其租住意愿；另一方面，由于租售比懸殊等因素，公租房投資成本大、回收周期長，客觀上不存在大幅降租的空間。因此，公租房租金如何確定，公租房成本如何分擔，仍是需要探索的新課題。
　　住在上海市籌公租房項目馨寧公寓小區一號樓1506室的顏雪顏雪告訴記者，馨寧公寓小區環境很好，房屋戶型、裝修也都令人滿意，不過每月2705元的房租，還是讓家里感到吃力。
　　記者了解到，馨寧公寓和尚景園的首期申請率總計約為40%(申請人數和住房套數之比)，低于此前預期。在選房階段，又有不少申請對象因不滿意租金而放棄租住，導致實際入住率進一步降低。比如，截至5月中旬，共推出2900套房源的馨寧公寓，其首批入住戶數在380戶左右。
　　不過，雖然相關部門為降低公租房的成本采取多項舉措，但目前的租金并不具備明顯下調的可能性和可行性，一旦租金大幅降低，或將引發一系列負面效果：
　　挫傷企業參與的積極性。比如，尚景園的建筑總面積為15.75萬平方米，共有住宅2202套。2011年5月上海市公積金管理中心動用公積金增值收益以14.98億元從上海城投整體收購該項目，折合投資成本為9511元/平方米。即使靜態年投資收益率有5%、達到100%的出租率，凈租金也至少要40元/平方米·月才能保本。
　　馨寧公寓也面臨類似問題。項目運營方上海地產保障住房投資建設管理有限公司副總經理荀旭東說，項目總投資超過20億元，即使是滿租，每年也都是虧本運營。
　　中國房地產業協會會長劉志峰說：“我國的租金房價比嚴重偏低，如果公租房租金為同地段市場價格的60%、70%，我認為行不通。這樣收回來的租金，恐怕連交利息都不夠。”他認為，應參照市場價格，確定公租房租金標準。
　　對現有的住房租賃市場產生沖擊。上海市住房保障房和房屋管理局副局長龐元介紹，目前上海可租住的商品住房約有3000萬平方米，租房市場已較為成熟。租房市場的總量并不缺少，但在房型、房屋條件、租賃穩定性等方面存在不足，公租房恰在這方面的“性價比”要高出一籌。絕大多數人的住房問題都通過市場解決，公租房主要起到補充作用。一旦公租房租賃價格過低，將不可避免對市場化的租金造成沖擊，使大量商品住宅合理收益“縮水”，產生新的問題。
　　產生新的尋租牟利空間。多位業內人士指出，一旦公租房租金和市場價格差距過大，便很難杜絕一些人利用價格“雙軌制”鉆空子、申請房源后進行轉租以賺取差價，這將損及公租房制度的公平公正性。
　　《經濟參考報》記者了解到，目前上海兩個公租房項目均沒有調整租金的計劃。
　　對此，業內人士認為，公租房的可持續經營需要以高出租率為前提，但目前不宜通過降低租金來實現，首要的是建立合理的成本分擔機制。
　　馨寧公寓租客楊君坤目前每月房租是1880元，不過單位能提供1000元的補貼，負擔就減輕不少。近期啟動供應的上海陸家嘴金融城人才公寓推出政策，符合一定條件的入住者每月可獲得一定的租房補貼，前三年分別以每月600元、300元和100元的標準進行補貼。
　　其次，降低公租房企業的融資成本。劉志峰認為，目前各大商業銀行已改制為上市公司，單純依靠商業銀行提供低息貸款不可行，可以考慮以財政貼息為支撐，建立公租房建設和運營的低息貸款制度。此外，還可通過股權式投資引入其他資金，住房公積金、社保基金、企業年金等可成為公租房股權式投資的資金來源。
　　再次，視情降低公租房的申請門檻。比如，上海公租房申請雖不設“收入線”及“戶籍線”，但規定申請者“需具有本市常住戶口，或者持有《上海市居住證》達到二年以上且在滬連續繳納社會保險金達到一年以上”。這項規定把不少新就業年輕人擋在了門外。
　　“只要能保證支付租金，除了可設置申請人沒有自有房產(且人均面積超過當地標準)、沒有同時享受其他住房保障等門檻外，其他的規定都可逐步放松。這樣也可明顯提高出租率。”陳杰說。