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2012年公立醫院改革工作將從三個層面拓展深化：大力推動試點城市以破除以藥補醫機制為重點，進一步推進體制機制綜合改革；以改革促發展，大力推進縣級公立醫院綜合改革試點；繼續在全國范圍內實施一批通過改革試點取得成熟經驗的政策措施。
經商發展改革委同意，衛生部、國務院醫改辦、中央編辦、財政部、人力資源社會保障部日前印發了《關于做好2012年公立醫院改革工作的通知》，對2012年公立醫院改革作出上述部署。
在推進試點城市體制機制綜合改革方面，通知明確2012年所有公立醫院改革國家聯系試點城市都要啟動破除以藥補醫的探索，通過采取調整醫藥價格、改革醫保支付方式和落實政府辦醫責任等綜合措施和聯動政策，完善補償機制。通知提出要繼續推動“政事分開、管辦分開”的改革探索，推進院長專業化、職業化建設，建立健全對公立醫院的績效考核制度，建立現代醫院管理制度。
在大力推進縣級公立醫院綜合改革試點方面，通知明確要以破除“以藥補醫”機制為關鍵環節，以改革補償機制和落實醫院自主經營管理權為切入點，統籌推進綜合改革。同時深化城市三級醫院對口支援縣級醫院工作，加強縣級醫院以人才、技術、重點專科為核心的能力建設，力爭基本實現大病不出縣的改革目標。
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