深化科技體制改革，建設國家創新體系，關系我國科技的健康發展，關系建設創新型國家的全局。在此間舉行的兩院院士大會上，如何建立健全科學合理、富有活力、更有效率的科技體制機制，受到高度關注。
　　院士們表示，面對創新驅動發展的緊迫需求和國際科技競爭的壓力，要切實解決原始創新能力不足、關鍵核心技術受制于人等創新能力問題，首先必須切實解決科技體制不適應科技生產力發展要求等深層次的體制機制問題。
　　“好的機制會促進發展，否則就會浪費人力財力。廣大院士對國家科技體制應當提出自己的建議。”褚君浩院士說。
　　“我們的科研需要注入新的活力，其中最重要的是體制上的改革，現在包括導向問題，包括人才培養，仍存在不少問題。”包信和院士說。
　　推動科技與經濟緊密集合、建立企業為主體的技術創新體系、深化科研經費管理改革、完善科技評價獎勵制度……就科技體制改革中的一些難題和關鍵點，院士們分析原因、提出建議。
　　科技和經濟“兩張皮”一直是“老大難”問題。“科技發展除了引領社會的進步以外，服務經濟發展也是非常重要的。”來自浙江的楊衛院士舉例說，比如浙江現在到了產業轉型升級的關鍵點，以前的優勢不再明顯，想樹立新的優勢，就必須要在核心技術等方面有比較大的創新。
　　如何推動科技與經濟緊密結合？夏建白院士認為，實現創新驅動發展，既要從經濟社會發展中找準科技創新主攻方向，又要把科技成果迅速轉化為現實生產力，要從根本上扭轉重點產業關鍵核心技術嚴重依賴國外的局面。
　　“科研工作者要更加自覺地把自己的科研工作與經濟社會發展有機聯系起來。”中科院院長白春禮院士表示，在科研課題的選題和方向上，要更加關注我國經濟發展的實際需求，從實際需求中提煉科技問題；在科研過程中，要大力加強協同創新，帶動和幫助企業提升自主創新能力。
　　科技資源配置過度行政化與分散重復并存過去一直制約著我國創新能力提升，夏建白院士對此十分關注。“這幾年國家對科研上的投入增加很快，可為什么轉變不大，我覺得是科研體制的問題。”他說，“比如說關于核心電子器件的問題，國家設立了專項，投入很大，但一分下去，誰也完成不了這個事情。我們必須集中力量、集中兵力打殲滅戰。”
　　當前，我國科研評價機制不夠合理。院士們表示，為了使科技人員潛心研究和創新，必須破除束縛人才成長的體制機制障礙。
　　“近年來，我們論文專利數量、科技成果數量以相當快的速度增長，但和國外比，真正的創新確實有很大的差別。”中國工程院副院長干勇認為，其中的原因之一就是體制機制方面沒有創造一種創新的環境。
　　他表示，這些年科研人員為了完成任務，為了發表論文，出現一種急功近利、浮躁的風氣，沒有精力和時間在創新上下工夫，這在科技界相當嚴重，尤其對年輕科技人員影響很大。
　　“ＳＣＩ導向一定要取消，它的危害太大了，一方面把很多高質量的論文都引到外國去了，導致我國很多優秀的雜志發展不起來，另外還助長了一些人崇洋媚外的思想。”葛昌純院士強調，對此必須在制度上作出一些規定。
　　建立以企業為主體的技術創新體系，是增強我國自主創新能力的關鍵所在。石碧院士認為，我國企業缺乏高層次的人才，而國外高級人才卻都聚集在企業里面，這是中國企業沒有成為真正的創新主體的主要原因。
　　“現在我們國家成立了很多企業研發中心，但往往缺乏高層次的人才，缺乏創新思維，這是一個問題。要鼓勵高層次人才大量到企業，企業才能真正成為創新的主體。”石碧院士說。
　　周緒紅院士同樣談到了人才問題。來自高校的他表示，人才培養體制改革十分重要和緊迫，要以推動科研和教學有機結合來推動人才培養機制改革，建立三位一體的人才培養模式。
　　葛昌純院士則認為，引進一些有真才實學的高水平人才非常必要，但同時要重視本土人才的培養和使用，縮小待遇差別。