由工業化和城市化引發的新三農問題的爭論，主要圍繞以下三個焦點：關于農用地的流轉和規模經營問題、關于農村土地的非農使用和農民離鄉進城務工。在上述三個焦點問題中，唯有農地的非農使用，由于直接牽動著城市人、資本、農民和政府幾方利益，成為爭論和利益沖突的焦點。
在農地的非農使用上，目前在實踐中出現了混亂景象。一方面，中央政府在政策上鼓勵和推動農地的流轉，但推行最嚴格的耕地保護制度和土地用途管制的法令，由國家來壟斷非農業用地的征收和規劃，并嚴格控制農用地乃至非利用地的非農使用，嚴格控制農村集體建設用地特別是農民宅基地的擴大，禁止以農村土地建設“小產權房”和嚴格限制農民宅基地的轉讓。同時，面對人們日益增長的對政府壟斷農村土地征用的壓力，既開始似乎接受但又不敢放開讓主體不是很明確、來源難以界定清楚的農村部分集體建設用地進入流轉和流通。鑒于在集體土地上出售給城市居民的小產權房已積重難返，出于社會穩定的考量，既一再三令五申堅決不容許再興建小產權房，又聲言要保護已購小產權房群眾的利益，這種自相矛盾和欲禁不能的政策信號，進一步激發了一波又一波搶建小產權房的熱潮。
另一方面，土地又是地方加速經濟發展最重要的載體和生財之道。地方政府往往在“發展是硬道理”的推動下，巧立名目，破壞土地用途管制制度，擴大農村土地的使用范圍，很多地方借農民集體建設用地使用權流轉、土地整理折抵和城鄉建設用地增減掛鉤等名義，想方設法擅自擴大建設用地規模。在中央政府實行行政問責制后，利用法不責眾和國家在農村基層執法能力衰減的漏洞，土地違法行為的主體由省、市、縣政府，向鄉、鎮和村級組織蔓延。至于在經濟發達和外來打工人員集聚的地區，農民自己利用宅基地乃至承包農地，根本不管有關規劃管制，興修多層商住兩用樓房，出租給經商單位和外來務工人員，形成一種準貧民窟的城中村或城郊村，政府更是鞭長莫及。
面對在農村土地問題上的這種種尾大不掉亂象，有人憂心忡忡，也有人不以為然。有人進而認為，土地管理上今天的眾多違法違規，就如改革開放初期的家庭承包一樣，當初也是非法的，但因為代表了改革的方向，最終成為主流。因此，他們認為小產權房本來就應當合法化，農民的宅基地本來就應當可以自由轉讓，所有農村土地就應該確權到戶，這樣農民才能將中國最大的財富——土地資本化，鄉村干部才不能利用集體土地中飽私囊。學術界和輿論界的多元導向，顯然在中央和地方、城市和鄉村本來就復雜的多重利益博弈中進一步增添了發散的因素。
進一步看，農村土地如何非農使用，既直接影響農民工移居城市的方式，也間接制約了農地流轉和規模化經營的步伐。現行的土地制度和管理辦法遭到普遍破壞和廣泛責疑，確實反映了它已經漏洞百出。