三峽水庫蓄水后，長江干流水質基本保持穩定，但庫區次級河流水質卻逐漸變差，量大面廣且難以治理的農村面源污染是其中最大的原因，農村面源污染成為庫區生態重建新課題。據重慶市環保部門測算，目前庫區次級河流主要污染物有近60%來自于化肥、農藥、人畜糞便和農村生活垃圾，治理農村面源污染已經迫在眉睫。
化肥、農藥為主要污染源
“三峽工程蓄水后，庫區水位抬高，水流減緩，自凈能力降低，庫區回水區和次級河流水質變差，出現了富營養化的問題。總磷、總氮超標且有加重的趨勢。涪陵境內的長江支流珍溪河、渠溪河目前都只能維持三類水質標準。”重慶涪陵區環保局副局長金吉中告訴記者。
據重慶環境科學研究院對重慶庫區移民安置區50條主要河流122個監測斷面監測，有13.9%的監測斷面不能滿足水域功能要求，有機污染物嚴重超標，主要超標項目是糞大腸桿菌群，其次是總磷、總氮和化學需氧量超標。
重慶市環保局自然生態保護處相關負責人說，目前農業生產使用的化肥、農藥是破壞庫區次級河流水質的主要原因。據不完全統計，三峽庫區次級河流中有機物、總磷、總氮等污染物有52%—59%來自農村面源污染。
睦和村是重慶涪陵區唯一的無糧村。該村1687畝土地全部被用來種植枇杷、荔枝、龍眼等果樹。村支部書記劉家奇說“村里一畝果樹每年施用的化肥加起來在140公斤左右，全村化肥施用量就有240噸，這其中20%左右會因水土流失而被沖走，村里果園全部是沿龍王溝(長江的一條支流)分布，每年流到河里的化肥量確實可觀。”
過量使用化肥造成的污染也十分驚人：化肥施于土壤中，只有小部分被農作物吸收，大部分則在雨水的作用下或滲透到地下污染地下水，或隨地表徑流進入河流、池塘，直接造成水域富營養化。地處三峽庫區腹地的萬州區瀼渡鎮高村村支書劉祿發告訴記者，水稻要維持1200斤的畝產，每年一般要投入100斤碳胺、100多斤磷肥、20多斤尿素，一年的化肥施用量就在100公斤左右。“農民使用化肥、農藥是想最大限度地提高畝產，并沒把環保的問題考慮進去，更不會去想化肥和農藥會污染河流破壞水質。目前流經高村村的瀼渡河水質是劣五類，其中很大原因就是因為化肥農藥和河中網箱養魚的污染。”劉祿發說。
河流污染源多樣化
除了農藥和化肥會造成嚴重污染外，農村人畜糞便、生活垃圾也是造成庫區次級河流污染的重要原因。
“一個養殖場就是一個污染源。”記者在庫區農村采訪時對這句話感受深刻。瀼渡鎮高村村農民牟其祥5年前在村里搞了一個150平方米的養豬場，每年出欄生豬300頭左右。因為沒有專門的清潔設施，豬場糞便沒法處理，只能讓其到處亂流。
“牟其祥豬場的豬糞到處亂流，使周圍稻田嚴重富營養化，肥力過剩，只長苗不結穗。去年一年就使豬場周邊4戶人家的3畝水田全部絕收。”重慶農業專家李樹祥說，一般而言，一畝土地只能承載一兩頭豬的糞便，養一頭豬產生的污水相當于近10個人生活產生的廢水。一旦養分超標就容易造成面源污染“這些營養過于充足的土地一旦遇到水土流失，養分就會隨之流入河中，導致河流出現富營養化的問題，造成二次污染。”
同時，農村生活污水和垃圾也是一個很大的污染源。萬州區農業環境保護監測站的監測數據表明，萬州農村生活污水和垃圾處理率只有10%左右，只有城郊的部分農戶垃圾進行了一定程度的處理，多數農戶的生活污水和垃圾還是任意排放或隨意拋棄在河溝或房前屋后，未作任何處理，遇降雨隨雨水直接沖入江河最后進入三峽水庫。
借鑒生態家園工程綜合應對面源污染
全國各地都存在著農村面源污染的問題，三峽庫區次級河流受到的影響為何特別明顯？重慶環保專家告訴記者，這主要是因為庫區蓄水之后，河流流速明顯減緩，長江干流因為水體容積較大，自凈能力較強，污染還不甚明顯，庫區次級河流因為流量較小、自凈能力差，且回水區集中，導致水質逐漸變差，污染不斷加重。
記者了解到，目前要治理農村面源污染難度很大，因為這種污染不同于工業、城市點源污染，它具有污染面廣、隱蔽性強、控制難度大、表現不突出的特點，在治理方式上，應該發揮廣大農民防治污染的主力軍作用，增強農民的農業環保意識。
重慶市農委副主任高興明說，治理農村面源污染減少次級河流污染較為有效的方式就是發展沼氣，通過沼液、沼肥替代部分農藥化肥的使用、同時使人畜糞便得以集中處理。目前這一思路在“三峽移民生態家園富民工程”上得到了很好的印證：
重慶在2008年7月開始利用國家煙草專賣局對口援助資金，幫助主要分布在三峽庫區長江干流及主要支流第一道分水嶺內的22個區縣84122戶農村搬遷移民建設生態沼氣池，建設戶用沼氣池和改廁、改廚、改圈為主要內容的“一池三改”生態工程。
據移民部門的測算，該工程建設的一口8立方米沼氣池年均產氣358立方米，運行成本160元，可解決一戶農戶80%的生活用能，可產沼液20噸、沼渣4.5噸，使用經過發酵、達到糞便無害化國家標準的沼肥，可以減少20%的農藥和化肥施用量。
同時根據測算，一口8立方米的沼氣池每年還可節約薪柴1.5噸，相當于3畝薪柴林的年生長量“生態家園富民工程”完成后可保護林地資源25萬畝，有效減輕或控制移民安置區人為活動對生態環境的破壞，加快退耕還林、還草及封山育林的步伐，可涵養水源、調節氣候、防止水土流失，確保三峽水庫資源環境安全和水質安全。
但是，生態家園富民工程發展的沼氣池建設只是解決了庫區部分農村面源污染問題，農用化肥、農藥、生活污水、垃圾的污染還是無法得到根本治理。基層干部群眾呼吁，政府還應該大力推廣測土配方施肥技術，改變農業生產習慣，防止盲目施肥、過度施肥和偏施氮肥的現象，同時推廣一些農村清潔示范工程，實施清潔家園、清潔田園和清潔水源項目，采取工程性的措施有效控制農村面源污染，并防止污染物流入河流。