2003年3月11日《經濟參考報》頭版刊登了《國務院機構改革方案》，見證了第五次政府機構改革。
　　當日，十屆全國人大一次會議第三次全體會議通過了關于國務院機構改革方案的決定。改革方案特別提出了“決策、執行、監督”三權相協調的要求。除國務院辦公廳外，國務院29個組成部門經過改革調整為28個，不再保留國家經貿委和外經貿部，其職能并入新組建的商務部。國家發展計劃委員會改組為國家發展和改革委員會。同時，設立國資委指導推進國有企業改革和重組，設立銀監會加強金融監管。
　　自1982年國務院機構改革開始，國務院已經歷六次較大的機構改革。國務院的工作部門已由100個精簡至2008年的27個。
　　回顧國務院機構改革歷程，幾乎每一次改革都伴隨著政府職能的戰略轉變。1981年，國務院擁有100個工作部門，達到新中國成立以來機構數量的最高峰，而臃腫的管理機構在當時已不能適應改革開放和經濟社會發展需要。1982年3月8日，五屆全國人大常委會第二十二次會議通過了關于國務院機構改革問題的決議。這次改革使得國務院的部門從100個減為61個，人員編制也從5.1萬人減為3萬人。
　　1988年，面對改革開放中出現的新問題，第二次機構改革再次啟動。1988年4月9日，七屆全國人大一次會議通過了新一輪機構改革方案，著重推進政府職能轉變，由直接管理為主轉變為間接管理為主，并強化宏觀管理職能，淡化微觀管理職能。通過改革，國務院部委減為41個，直屬機構減為19個，非常設機構減為44個。
　　1993年3月22日，八屆全國人大一次會議審議通過了關于國務院機構改革方案的決定。方案實施后，國務院組成部門、直屬機構減少到59個，人員減少20%。
　　1998年3月，為逐步建立適應社會主義市場經濟體制的中國特色的政府行政管理體制，更為深入和廣泛的第四次機構改革拉開帷幕。根據改革方案，國務院不再保留的有15個部委，新組建的有4個部委，更名的有3個部委；改革后，除國務院辦公廳外，國務院組成部門減少到29個。
　　最近一次國務院機構改革，也就是第六次機構改革，發生在2008年。此次改革的主要任務是，圍繞轉變政府職能和理順部門職責關系，探索實行職能有機統一的大部門體制，合理配置宏觀調控部門職能，加強能源環境管理機構，整合完善工業和信息化、交通運輸行業管理體制，以改善民生為重點加強與整合社會管理和公共服務部門。

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