對于住房公積金支持保障性住房建設試點，業界也存在爭議。一些專家和業內人士認為，雖然國家有關部門在住房公積金支持保障房建設的試點運行中管理非常嚴格，但在實際操作中仍然有一些諸如自有資金不足、資金被挪用、建設工程滯銷、房屋租不出等不確定因素引發的風險，亟須建立健全相關監管機構，形成一整套風險防控機制，增加項目貸款透明度。
　　記者在采訪中了解到，對于住房公積金支持保障住房建設的爭議，主要表現在以下幾個方面：首先是住房公積金作為老百姓的“私房錢”，地方政府有沒有權力動用，在法理上有漏洞。依據2002年重新修訂后的《住房公積金管理條例》，住房公積金只能用作廉租房建設補充資金。該條例受到它的上位法《住房保障法》的約束，一直也沒能進行修改。當前所進行的住房公積金支持保障住房建設的試點，實際上是繞過《住房公積金管理條例》來實施城市試點。在相關法規還有欠缺，規章制度、監督權利歸屬沒有理順的情況下，如果將審批和監管權下放，一旦出了問題，最終蒙受損失的是繳納住房公積金的老百姓。
　　其次，住房公積金支持保障住房建設后，一旦形成呆壞賬怎么辦？雖然國家有關部門在住房公積金支持保障房建設的試點運行中管理非常嚴格，但一旦放開在全國推行，巨額住房公積金貸款審批和監管權下放到地方，住房公積金的使用安全問題便顯得尤為重要。如果在保障房建設中，資金監管不到位，出現了呆賬、壞賬，很有可能導致地方政府負債，損害住房公積金繳納人的合法權益。
　　此外，監管機構缺位，沒有建立代表住房公積金繳納人的機構，作為第三方監管機構參與到住房公積金運行當中。住房公積金不是銀行的錢，也不是國家的錢，用來貸款給保障性住房建設，此前也沒有相應的金融管理條例，銀監會也不能負責；住房公積金管理中心只是社會公眾委托專門看管社會資產的機構，在住房公積金貸款的審批、監管環節，不具備相應的權利，相應的監管機構還是個空缺。　
　　一些專家和業內人士建議，在實施住房公積金支持保障房建設試點過程中，要強化資金和項目貸款的風險防范，確保住房公積金的資金安全。一是自有資金不足的風險，在決定發放項目貸款之前，必須依據試點方案規定，使用科學的方法，對開發企業的自有資金進行嚴格審查。二是資金被挪用的風險。由于開發企業往往同時開發幾個項目，或者一個集團公司下屬多個公司，所以借款人容易出現不按合同約定使用資金挪作他用的問題。因此需要貸款合同約束和貸后加強監管等手段加以防范。
　　三是在建工程滯銷或租不出的風險。保障性住房的銷售收入或租金收入是償還貸款本金和利息的重要來源，一旦在建項目滯銷勢必將影響還貸。在項目貸款發放審查時，除應全面、科學考察開發企業的資質和實力外，還要綜合考察建設項目環境和加強工程質量監管，以免滯銷問題的發生。
　　此外，開發企業銷售收入不及時還款的風險。開發企業所依賴的現金流便是項目本身的銷售收入或租金收益。為了確保及時還貸，對其銷售收入或租金收益應實行封閉式監管。即由開發企業按項目在承辦貸款銀行設立專用資金監管賬戶，用于存放項目貸款資金和銷售收入。在建期間按工程進度，經住房公積金管理中心和承辦銀行同意后，分批支取資金，并且只能用于項目建設。項目預售或直接銷售后，每套住房均應與貸款銀行辦理抵押注銷手續，其銷售收入全部存入專門賬戶，用于償還貸款本息，不得轉移或用于其他支出。償還貸款本息后，資金可作為利潤留存。
　　重慶朵力房地產公司董事長黎偉表示，保障性住房是一項“民生工程”，“地根”和“銀根”對住房建設起決定作用。以重慶正在大規模建設的公租房為例，公租房的用地由政府以采取劃撥方式解決，實際上是將土地收益讓利于民。住房公積金貸款在一定程度上解決了公租房建設中的“銀根”問題，真正“取之于民，用之于民”。黎偉認為，在住房公積金的貸款使用上要增加透明度，具體投向哪些項目，每個項目的投資額度、項目進展程度等要定期通過媒體等方式向社會公布，這一方面是對繳納住房公積金的群眾有個交代，同時有利于引導社會公眾參與，加強社會監督，保障資金安全。